Les choix de traitements des déchets organiques entre compostage ou méthanisation, collecte sélective ou non des déchets organiques, sont le plus souvent guidés par des
considérations économiques. Selon le livre vert de la Commission européenne, les coûts d'investissement et d'exploitation des installations de gestion et de traitement biologique dépendent de nombreux facteurs et varient à l'échelle régionale et locale. Les variables les plus importantes sont notamment la taille de l'installation, la technique utilisée, le coût de l'énergie disponible à l'échelle locale, le type de déchets à traiter et les frais de transport.
Selon l'étude Eunomia réalisée pour la Commission européenne en 2002, en coût de fonctionnement, la collecte séparée des biodéchets suivie d'un compostage coûte entre 35 à 75 euros par tonne, la collecte séparée des biodéchets suivie d'une digestion anaérobie coûte entre 80 à 125 €/tonne tandis que la mise en décharge ou l'incinération de déchets mixtes reviennent respectivement à 55 et 90 euros par tonne.
Quant aux coûts d'investissement dans les installations de traitement biologique, ils varient en fonction du type d'installation, des techniques de réduction des émissions utilisées et des exigences relatives à la qualité du produit. Dans l'étude européenne qui accompagne l'analyse d'impact élaborée par la Commission pour la révision de la directive IPPC, il est question de 60 à 150 euros/tonne pour le compostage et de 350 à 500 euros/tonne pour la méthanisation dans de grandes installations.
Mais la vente du compost peut être une source de revenus. La Commission européenne note que le prix d'un compost de qualité reconnue et bien commercialisé peut s'élever à 14 euros/tonne et peut même atteindre de 150 à 300 €/tonne s'il s'agit de compost ou de mélanges à base de compost emballés et vendus en petites quantités.
La valorisation énergétique au moyen de la digestion anaérobie peut elle aussi être une autre source de revenus.
Traiter collectivement pour améliorer la rentabilité de l'installationAfin de faciliter le montage financier du projet, différents acteurs (collectivités, industriels et agriculteurs) peuvent décider de s'associer autour d'un même projet. En effet, dans certains cas, le mélange de déchets organiques permet des économies d’échelle et l'optimisation de la production de biogaz s’agissant de la méthanisation. Un projet de ce type va voir le jour en France en Bretagne. Après 10 ans de montage technique et administratif, de réunions publiques et de discussions avec les associations de protection de l'environnement et les riverains, une usine de méthanisation capable d'accueillir à la fois des déchets organiques d'origines agricoles, municipales et industrielles entrera en service en mai 2011.
Outre les avantages intrinsèques à la méthanisation que sont la production d'énergie renouvelable, la limitation des émissions de gaz à effet de serre et le retour au sol de la matière organique, la méthanisation collective est particulièrement intéressante pour les élevages et entreprises de petite et moyenne taille, pour lesquelles une solution individuelle performante est hors de portée financière. Les économies d'échelle qu'elle permet améliorent la rentabilité économique des projets, l'un des principaux freins au développement de la méthanisation en France.
Toutefois, il ne faut pas perdre de vue que ces installations sont des équipements industriels qui peuvent avoir des impacts sur leur environnement au même titre qu'une usine de traitement classique. La mutualisation des déchets va souvent de pair avec des installations de grandes tailles qui nécessitent les autorisations adéquates et par conséquent des montages administratifs plus longs. Une taille conséquente peut également inquiéter les riverains.
