Très en retard pour ces désignations et condamné deux fois par la Cour européenne de justice pour désignation insuffisante de sites en 2001 et en novembre 2002, la France était menacée d'une nouvelle condamnation si elle ne procédait pas à la constitution d'un réseau complet pour le 30 avril 2006, dernier délai accordé par la commission. À l'occasion de l'assemblée générale des réserves naturelles de France qui s'est tenu vendredi dernier, la Ministre de l'écologie et du développement durable, Nelly Olin, a annoncé avoir respecté l'échéance de la commission européenne. Ainsi, le réseau français des sites « Natura 2000 » s'agrandit et comprend désormais 1.307 sites d'intérêts communautaires, soit plus de 4,8 millions d'Ha au titre de la Directive « Habitats-faune-flore » et 367 zones de protections spéciales (ZPS) représentant 4,5 millions d'Ha au titre de la Directive « Oiseaux ». Ainsi, la superficie classée en ZPS au titre de la directive oiseaux passe de 1,5% du territoire à 8,2% rejoignant la moyenne des autres Etats.
La Commission européenne doit désormais étudier et valider ces propositions puis publier courant 2007, l'état définitif du réseau Natura 2000 au sein de l'Union, correspondant à la protection des milieux naturels et à celle, particulière, des oiseaux.
Du côté des associations de protection de l'environnement, les réactions illustrent une certaine perplexité. La fédération France Nature Environnement s'inquiète légitimement de la capacité du réseau proposé à répondre à l'objectif initial de conservation d'habitats et d'espèces. La FNE rappelle qu'avec seulement 8,5% de son territoire protégés la France ne se place qu'au 18ème rang des 25 pays membres, alors que l'OCDE lui recommande d'accroître ces espaces à 15 %.
France Nature Environnement attend maintenant de l'Etat de retrouver les illusions perdues de Natura 2000, permettant aussi à la France de ne plus être considérée comme « le moins bon élève » européen en la matière et d'être en harmonie avec l'action qu'elle déploie sur la scène internationale pour la biodiversité.