À la suite de plusieurs réunions, les députés et la Présidence de l'Union européenne se sont accordés sur les modalités d'intégration de l'aviation dans le système d'échange de quotas de CO2 de l'Union européenne (ETS).

Ainsi, à compter de 2012, tous les vols au départ ou à destination de l'Europe y compris les vols intercontinentaux seront inclus dans le système européen d'échanges de quotas d'émissions. Durant la première année, les compagnies se verront attribuer un quota d'émissions équivalent à 97% de ce qu'elles ont émis en moyenne entre 2004 et 2006. Elles devront donc faire des efforts pour réduire leurs émissions. Cette quantité de quotas diminuera chaque année. Elle sera de 95% en 2013. Le pourcentage pourra encore subir des modifications ultérieures dans le cadre d'une révision générale du système d'échanges.

85% des certificats d'émissions seront attribués gratuitement, les 15% restant seront mis aux enchères. Le produit généré par la mise aux enchères des permis d'émissions devra être affecté à l'atténuation du changement climatique, à la recherche sur des transports aériens propres, à des mesures de lutte contre la déforestation dans les pays en développement et au transport produisant peu d'émissions.

Ce compromis devra encore être formellement entériné par le Conseil et adopté par la plénière en juillet à Strasbourg.