A l'issue de la réunion du comité de suivi de la stratégie nationale pour la biodiversité, la ministre de l'Ecologie Ségolène Royal a nommé le 29 octobre trois préfigurateurs chargés d' "animer et de piloter" la création de l'Agence française pour la biodiversité (AFB) d'ici 2015-2016. Calquée sur l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (Ademe), la création de l'AFB est la mesure phare du projet de loi-cadre sur la biodiversité qui doit être à nouveau discuté à l'Assemblée nationale au printemps 2015.

Issue du rapprochement de structures déjà existantes, cette Agence est "l'instrument référent de la protection de la biodiversité". Elle regroupera l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (Onema), les Parcs nationaux de France, l'Agence des aires marines protégées et l'Atelier technique des espaces naturels (Aten). Elle doit également intégrer la Fédération des conservatoires botaniques nationaux. L'Agence doit mobiliser les "moyens nécessaires" aux politiques de la biodiversité (gestion des milieux naturels…) et développer les partenariats avec les collectivités, souligne le projet de loi. Elle apportera un soutien "méthodologique et financier" aux porteurs de projets de "reconquête de la biodiversité" (restauration des milieux, génie écologique) via les crédits des programmes d'Investissement d'avenir (PIA), a rappelé en juin dernier, la ministre devant les députés de la commission du développement durable de l'Assemblée.

Mission de préfiguration de l'Agence

Geneviève Gaillard (députée PS des Deux-Sèvres), rapporteure du projet de loi à l'Assemblée, lui avait indiqué "l'urgence" de mettre en place l'équipe de préfiguration de l'Agence. Celle-ci accompagnera "l'ultime étape de configuration de la future Agence", a souligné hier Ségolène Royal.

Olivier Laroussinie, directeur des Aires marines protégées, Annabelle Jaeger, conseillère EELV de la région PACA chargée de la biodiversité à l'Association des régions de France, et Gilles Boeuf, président du Museum national d'Histoire naturelle, ont été nommés pour mener cette mission. Ils sont chargés de définir les missions prioritaires de l'Agence, ainsi que son fonctionnement notamment avec les collectivités. Gilles Bœuf assurera le "conseil scientifique" et "fera le lien avec le meilleur de la recherche", a  précisé la ministre. Annabelle Jaeger "apportera son expérience de l'animation des politiques territoriales au service de la biodiversité".

Olivier Larroussinie a été nommé directeur de la mission. Il sera chargé de piloter "l'ensemble des travaux qui permettront de préciser, en lien avec tous les opérateurs, le premier contrat d'objectifs du futur établissement public", a indiqué Ségolène Royal. Il s'appuiera notamment d'une part, sur une Commission spécialisée désignée par le Conseil national de la transition écologique, qui permettra "d'associer étroitement toutes les parties prenantes", et, d'autre part, sur un réseau de partenaires "dans les différents outre-mer où, je le redis, 80% de la biodiversité française sont localisés", a ajouté Mme Royal. Les travaux s'attacheront également à la "dimension économique de la biodiversité".

L'équipe de préfiguration fera ses propositions à la ministre début 2015, dans la perspective du débat parlementaire sur le projet de loi sur la biodiversité. Ségolène Royal souhaite "une fois la loi votée", l'installation de l'Agence "avant la fin 2015".

Les associations environnementales ont salué la mise en place de cette équipe. "La création de l'Agence s'engage concrètement, il était temps !", ont déclaré les associations FNE, LPO, Humanité et Biodiversité (1) et FNH dans un communiqué. L'examen de la loi a en effet pris du retard et est en "stand-by" depuis le 26 juin dernier. Date du vote du texte en première lecture par la commission du développement durable à l'Assemblée.Les travaux de préfiguration sont "essentiels  pour permettre à l'Agence de fonctionner dès le 1er janvier 2016. Il s'agira notamment de préciser l'organisation territoriale de l'Agence, y compris dans les territoires ultra-marins", estiment les associations. Elles appellent également l'équipe à préciser le "contour exact" de ses missions en matière de soutien à la recherche ou de suivi des mesures compensatoires d'atteinte à la biodiversité.

Les fonctions de l'Agence élargies par les députés

La question du périmètre de l'Agence – qui ne comprend pas les Offices nationaux de la chasse (ONCFS) et de la forêt (ONF) – et de son financement doit être débattue au Parlement. La ministre a justifié la non-inclusion des deux structures car leurs missions "excèdent largement le champ de la biodiversité". Mais celles-ci collaboreront de façon "très étroite" avec l'Agence via des partenariats, a-t-elle assuré.

Le 26 juin dernier, les députés de la commission du développement durable ont adopté plusieurs amendements au projet de loi (2) . L'un, présenté par Jean-Paul Chanteguet (PS-Indre) président de cette commission, demande au gouvernement, dans les deux ans suivant la promulgation de la loi, la remise d'un rapport qui dressera "un bilan coût/avantages" de l'élargissement de son périmètre.

La loi de finances 2014 prévoyait également de doter l'Agence d'un budget de 221 millions d'euros dès sa création. Il sera abondé par deux sources de financement : la taxe affectée aux agences de l'eau, pour un montant de 186 millions d'euros (et 191 millions d'euros à partir de 2016), et le budget de l'Etat, pour un montant de 35 millions d'euros, a précisé la rapporteure du texte Geneviève Gaillard. Elle a appelé le gouvernement à augmenter "rapidement la part apportée par l'État dans le cadre du projet de loi de finances triennal 2015-2017".

Les députés ont également élargi les missions de l'Agence. Un amendement, défendu par Mme Gaillard ajoute qu'elle "appuiera" la préservation des continuités écologiques "transfrontalières". Deux amendements, présentés par les députés écologistes, étendent la contribution de l'Agence à la lutte contre la "biopiraterie". Elle "doit encourager le partage équitable des avantages découlant de l'utilisation des ressources génétiques (…) afin d'agir en conformité avec les principes directeurs du protocole de Nagoya". La future Agence devra également disposer d'"antennes ultra-marines", a indiqué Ségolène Royal.

Quant au contrôle des mesures compensatoires, la ministre a précisé aux députés "qu'il relève des services déconcentrés de l'Etat, auxquels l'Agence apportera son expertise en les alertant quand elle estimera que certaines mesures compensatoires ne sont pas prises". Mais l'Agence n'aura "ni le pouvoir réglementaire ni le pouvoir de sanction qui permettraient que ces mesures soient appliquées".