Après la signature de deux chartes de territoire pour les baies de Lannion et de Saint-Brieux respectivement en septembre et octobre 2011, un troisième plan de lutte contre les algues vertes a été signé pour la baie Fouesnant-Concarneau.
Ce plan repose sur plusieurs axes forts : un engagement de 90% des agriculteurs dans une démarche de diagnostic, et de 80% de la Surface agricole utile (SAU) de la baie dans des chartes individuelles d'ici 2013 et la contractualisation d'une série de mesures (amélioration de l'efficacité du couvert végétal, augmentation de la part d'herbe dans la surface fourragère, mise en oeuvre de mesures de gestion sur 500 ha de zones humides…). Ces mesures doivent permettre d'atteindre moins de 10mg/l de nitrates à horizon 2027 et 30% de cet objectif dans les 3 ans.
Un accompagnement financier à été prévu à hauteur de 6,42 millions d'euros répartis en 4,4 M€ pour l'Etat et l'Agence de l'Eau, 1,32 M€ pour le Conseil régional et 0,7 M€ pour le Conseil général du Finistère.
Pour l'association Eau et Rivières de Bretagne qui a validé ce plan, "le plus difficile reste à venir, d'abord sur ce bassin-versant pour aller chercher les 90 % d'adhésion au projet, mais plus largement pour le Finistère où trois autres projets doivent voir le jour dans les mois à venir." D'ailleurs celui de la baie de Douarnenez a reçu un avis très critique du comité scientifique rejoignant en cela l'avis donné par Eau & Rivières et l'association locale Baie de Douarnenez.