Troisième site majeur de proliférations d'algues vertes en Bretagne, la baie de la Fresnaye dispose désormais de sa charte de territoire de lutte contre cette pollution. Elle vise, d'ici 2015, une réduction de 60 tonnes du flux annuel d'azote qui arrive dans la baie. Pour cela, elle compte sur l'adhésion de la profession agricole avec un objectif de 80% d'ici fin 2014 (dont 100% des exploitations identifiées comme prioritaires). Le document prévoit également une baisse de l'utilisation d'engrais minéraux de 30%, une amélioration de l'efficacité de la couverture hivernale des sols pour toutes les exploitations (implantation d'une culture intermédiaire piège à nitrates sous couvert de maïs, etc.), la suppression des parcelles surpâturées (15% actuellement), orientation de 10 nouvelles exploitations agricoles vers une production biologique ou un système d'élevage bovin herbager et économe en intrants (et atteindre près de 15% des exploitations du territoire engagées dans ces modes de production en 2015), convertir 10% des places de truies gestantes en mode d'élevage "porcs sur litière", réduire les transferts de nitrates provenant des parcelles drainées, et enfin gérer et restaurer les espaces sensibles (zones humides, bocage, etc.).

La baie est le 7e territoire à se lancer. Parmi les huit baies jugées prioritaires, il ne manque désormais plus que le projet de charte d'Horn-Guillec (en retard sur ses prévisions de remise du document en octobre).