Alain Costes a exercé l'essentiel de sa carrière au sein de la Direction Générale de l'Armement (DGA) qu'il intègre en 1979. Il y a occupé différentes fonctions : spécialiste propulsion des missiles, directeur de programme, responsable des domaines « Missiles/Espace » puis « Constructions navales » au cabinet du délégué général pour l'armement, directeur technique du Centre d'essais aéronautique de Toulouse et chargé des actions du ministère de la défense en faveur des PME-PMI pour la Région Midi-Pyrénées, directeur de l'atelier industriel de l'aéronautique de Cuers-Pierrefeu (1999-2003), enfin sous-directeur Europe-Amérique du sud (2005-2010) au sein de la direction du développement international de la DGA.
En 2010, il a été nommé chef de la mission MMAé - Modernisation du maintien en condition opérationnelle des aéronefs du ministère de la Défense - au Conseil Général de l'Armement.
