Par une décision du 28 décembre 2017 (1) , le Conseil d'Etat a annulé les dispositions du décret du 11 août 2016, relatif à la modification des règles applicables à l'évaluation environnementale des projets, plans et programmes, qui prévoyaient la désignation du préfet de région en tant qu'autorité environnementale.
Ces dispositions modifiaient l'article R. 122-6 (2) et créaient l'article R. 122-27 du code de l'environnement (3) . Le premier conservait au préfet de région la compétence pour procéder à l'évaluation environnementale de certains projets. Le deuxième confiait à cette même autorité la compétence, dans certaines hypothèses, pour procéder à l'évaluation environnementale commune de plusieurs projets faisant l'objet d'une procédure d'autorisation concomitante.
Faisant application de la jurisprudence Seaport de la Cour de justice de l'UE, le Conseil d'Etat estime que le dispositif législatif et réglementaire français n'était pas conforme à la directive du 13 décembre 2011 relative à l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement. Il n'apportait en effet aucune garantie que la compétence consultative en matière environnementale soit exercée par une entité disposant d'une autonomie réelle lorsque le préfet de région est compétent pour autoriser le projet concerné. En particulier, lorsqu'il agit en sa qualité de préfet de département chef-lieu de région ou dans les cas où il est maître d'ouvrage du projet.
Cette annulation fait suite à celle prononcée trois semaines plus tôt sur le même sujet. Le 6 décembre, la Haute juridiction administrative annulait en effet une disposition du décret du 28 avril 2016, portant réforme de l'autorité environnementale, qui modifiait le même article R. 122-6 du code de l'environnement. Dans les deux cas, le contentieux avait été porté devant le Conseil d'Etat par France Nature Environnement (FNE).