Face au développement des baignades artificielles ouvertes au public, et des piscines dites « naturelles », l'Afsset préconise de mettre en place une réglementation notamment sanitaire. Pour l'instant les baignades créées artificiellement où l'eau est captée et maintenue captive comme les étangs artificiels, réservoirs, barrages, gravières, bassins à marée, ainsi que les baignades à traitement par filtration biologique, souvent appelées piscines « naturelles », « biologiques » ou « écologiques », ne bénéficient d'aucune surveillance sanitaire.

Les risques sanitaires peuvent être plus élevés pour ces baignades artificielles que pour les autres baignades naturelles ou les piscines. L'eau ne court pas (ou peu) naturellement ; elle n'est pas désinfectée comme dans les piscines, explique l'Afsset. Pourtant les dangers sanitaires à traiter sont les mêmes que pour les baignades : germes apportés par les baigneurs, microalgues toxiques qui peuvent s'y développer, ou encore pathogènes issus de l'environnement (eau de remplissage, ruissellements d'eaux souillées, intrusion d'animaux, etc.), ajoute-elle.
Par conséquent l'Afsset recommande de réaliser un recensement de ces baignades et la mise en place d'analyses microbiologiques. Sans attendre les résultats de ces analyses, l'afsset préconise d'identifier les sources de pollution, de prendre des mesures d'hygiène des baigneurs, de limiter le nombre de baigneurs et d'imposer un délai maximal pour le renouvellement de l'eau.

Pour ce qui concerne particulièrement les piscines biologiques, l'Afsset considère que le niveau de maîtrise des risques sanitaires proposé par les constructeurs est aujourd'hui insuffisant : le traitement naturel et sans traitement chimique doit encore être amélioré en ce qui concerne l'efficacité de la maîtrise des pathogènes potentiels et des algues.
L'Afsset demande par conséquent de faire rentrer les baignades à traitement biologique dans un programme expérimental avec la mise en place sans délai d'un suivi hebdomadaire de la qualité des eaux, la limitation du nombre de baigneurs et l'amélioration des mesures d'hygiène. Les concepteurs sont invités à faire un effort de recherche et développement pour améliorer la conception des installations.