Cette surveillance a permis de détecter de plus en plus de cas jusqu'en 2005. En effet, l'augmentation annuelle moyenne de la fréquence de la maladie (ou incidence) entre 1998 et 2005 a été évaluée à 22 %. Pour faire face à cette augmentation, les autorités gouvernementales ont mis en place en 2004 un plan de prévention des légionelloses dont l'objectif était de réduire l'incidence de 50 % à l'horizon 2008. Suite à ce plan, une légère baisse du nombre annuel de cas déclarés a été constatée en 2006 (-6%). Le bilan 2007 présenté récemment par l'InVS dans son Bulletin épidémiologique hebdomadaire (BEH) fait état d'une stagnation du nombre de cas : 1428 cas en 2007 contre 1443 cas en 2006. Le taux d'incidence se maintient donc à 2,3 pour 100.000 habitants en France et reste supérieur à celui de l'Europe : 1,1 pour 100.000 habitants.
Bien qu'il estime que l'interprétation des tendances est très difficile, l'InVS juge ce bilan encourageant. Il reconnaît néanmoins que l'objectif ambitieux de réduction de l'incidence est loin d'être atteint. L'institut semble pourtant optimiste et estime que les efforts entrepris ces dernières années sont autant d'éléments qui devraient permettre à terme d'obtenir une réelle diminution de l'incidence de la légionellose en France.
L'institut rappelle par ailleurs qu'il faut encore renforcer la diffusion de l'information et s'assurer de l'application des réglementations récentes auprès de l'ensemble des acteurs. L'InVS encourage en outre la recherche sur l'écologie microbienne pour mieux comprendre les mécanismes de développement et de dispersion des bactéries afin d'adapter en amont la conception des installations. Les bactéries de la famille des Legionellaceae colonisent en effet des réservoirs artificiels comme les réseaux d'eau chaude sanitaire, diverses installations hydriques (jacuzzi, bains à remous, brumisateurs, fontaines décoratives…) et les tours aéroréfrigérantes (TAR) humides. Ces tours sont utilisées pour certains procédés industriels et pour les installations de climatisation centralisées. On les trouve dans l'industrie et dans des secteurs comme les établissements hospitaliers et médico-sociaux, les grands ensembles d'habitations ou de bureaux, les centres commerciaux, les piscines ou les patinoires.
En 2007, près de 7.200 installations de refroidissement industrielles ont été recensées et inspectées. 193 installations ont fait l'objet d'un arrêt pour nettoyage et désinfection suite à des concentrations en légionelles de plus de 105 UFC/l (unités formant colonies), contre 353 installations en 2006.