La mission BobGeo qui s'est déroulée du 13 au 28 octobre 2009 à bord du navire océanographique Pourquoi pas ? avait pour but de caractériser la géologie des fonds sous-marins où vivent des coraux profonds. Inscrite dans le cadre du projet européen CoralFISH auquel participe l'Ifremer, la mission avait pour objectif de mieux connaître les habitats des coraux d'eaux froides d'Europe et les poissons associés et développer des outils pour une meilleure gestion de cet écosystème. Six zones sont à l'étude depuis la mer de Norvège jusqu'à la mer Ionienne parmi lesquelles on retrouve le golfe de Gascogne. Sur les cent trente canyons de la marge nord du golfe de Gascogne, 85% sont dans les eaux sous juridiction française.

Les coraux d'eau froide se développent dans l'obscurité par des profondeurs qui, sous nos latitudes, sont comprises entre 160 et 2000 mètres, dans une eau entre 2 et 14°C. Certains coraux peuvent constituer des récifs de plusieurs centaines de mètres de long et des dizaines de mètres de haut. Ils peuvent vivre des milliers d'années et constituent la base d'un écosystème riche et complexe.
Ces milieux fragiles sont aujourd'hui menacés : à court terme par les activités humaines telles que les pêcheries profondes et à moyen terme par le changement climatique et l'acidification des océans.

L'objectif majeur de la campagne BobGeo est d'obtenir une cartographie à haute résolution de zones typiques des canyons et interfluves du Golfe de Gascogne où des coraux ont déjà été signalés. Trente-quatre canyons ont ainsi été cartographiés à haute résolution et quatre ont été partiellement visités au cours des onze plongées photographiques. Premiers résultats : des squelettes de coraux morts, enfouis ou sur le sédiment ont été observés mais également plusieurs espèces de coraux vivants en petit nombre et isolées, principalement au pied des flancs des canyons. On retrouve les espèces suivantes : Antipathaires, Lophelia pertusa, Madrepora oculata. Les rides sédimentaires des fonds de canyons accueillent également de nombreux poissons. L'une des plongées effectuée entre 600 et 1200 m a révélé sur le sol des couvertures importantes de populations de coraux (Lophelia pertusa, Madrepora oculata) allant jusqu'à 100%.

Ces données récentes, complétées par l'étude de données vidéos et photos antérieures, ont permis d'identifier dans le golfe de Gascogne une diversité importante de faciès coralliens ainsi que des faciès d'éponges. En 2011, BobEco, mission axée sur l'écologie des coraux, complétera cette exploration et permettra de comparer les communautés associées aux récifs et la composition génétique des peuplements de coraux du Golfe de Gascogne et ceux de Norvège et d'Irlande. Ainsi, on connaîtra l'impact potentiel des perturbations sur la biodiversité, la dynamique et la connectivité des peuplements de coraux dans ces zones.