Christophe Aubel est instituteur de formation. Il s'est engagé dans de nombreuses associations de protection de l'environnement. Il a notamment présidé le Centre ornithologique d'Ile de France, été administrateur de France Nature Environnement (FNE) ainsi que vice-président du comité français de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN). Il était depuis 2001 directeur d'Humanité et Biodiversité, poste qu'il a quitté lors de sa nomination en tant que préfigurateur de l'Agence française de la biodiversité en février 2016.
Christophe Aubel a également siégé au Grenelle de l'environnement en tant que représentant d'Humanité et Biodiversité, mais aussi au conseil national de la transition écologique, au comité de suivi du projet agro-écologique du ministère de l'Agriculture, au comité Trame verte et bleue, au comité national loup et au comité de suivi de la stratégie nationale de biodiversité, indique l'Agence française de la biodiversité.
