En vertu de la directive de 1975 visant à protéger les eaux de surface destinées à la production d'eau alimentaire, les eaux de surface concernées ne doivent pas contenir une concentration en nitrates supérieure à 50 mg/l. Les États membres devaient prendre les mesures nécessaires pour respecter en juin 1987 cette norme communautaire. Mais la France présentait des concentrations supérieures dans 37 rivières de Bretagne. Elle a donc déjà été condamnée en 2001 par la Cour européenne de justice. Depuis lors, la France a mis en œuvre un certain nombre de mesures, y compris des mesures agri-environnementales visant à réduire la quantité d'azote épandu sur les terres agricoles. Toutefois, ces mesures se sont révélées, à ce jour, insuffisantes pour 11 rivières selon la Commission mais 9 selon le MEDD. La France n'aurait pas transmis les informations de deux captages pour lesquels les teneurs en nitrate sont redevenus conformes. Par conséquent, la Commission a décidé de saisir la Cour pour non-exécution de l'arrêt de la Cour. Elle propose de demander à la Cour européenne de justice d'imposer à la France une somme forfaitaire supérieure à 28 millions d'euros et une astreinte journalière de 117.882 euros.
Cependant, considérant que les autorités françaises ont dernièrement annoncé être en cours d'élaboration de mesures additionnelles importantes, la Commission a décidé de donner un sursis à l'exécution de la saisine afin de permettre à la France de lui communiquer de plus amples détails.
Les mesures décidées par la France sont de deux ordres : la fermeture de quatre captages échelonnés entre juin 2007 et juin 2009 et la réduction des apports d'azote. L'objectif annoncé est la réduction d'un tiers des apports sur chacun des neuf bassins versants non-conformes. Des mesures d'abord volontaires dès avril 2007 puis obligatoires dès janvier 2008, seront mises en œuvre : mesures agri-environnementales, augmentation de 50 % des aides à la cessation d'activités laitières et aides à l'investissement pour des opérations de résorption. En parallèle, des études scientifiques seront menées pour définir, bassin par bassin, le niveau d'apports d'azote permettant la réduction rapide des teneurs en nitrates. En janvier 2008, les mesures seront déclinées bassin par bassin au vu des résultats des mesures volontaires et des études scientifiques. Ces mesures sont mises en œuvre sur la base de l'article 21 de la loi sur l'eau du 30 décembre 2006 pour un budget total évalué à 60 millions d'euro.

Dans un communiqué, le MEDD se dit conscient de l'importance des enjeux comme des mesures à prendre, ainsi que des risques de condamnations financières mais il précise qu'il n'est pas seul à devoir agir pour rétablir les niveaux de qualité compatibles avec les engagements communautaires de la France : d'autres administrations ainsi que nombre de collectivités locales et acteurs économiques sont appelés à intervenir dans la mesure de leurs compétences et moyens. Mais pour Yann Wehrling, Porte-parole des verts, rien n'a été fait depuis 5 ans, sinon de l'agitation médiatique et des lois dont le seul but était de préserver les intérêts d'un système de production agricole dépassé.