Par un arrêt du 3 avril 2014, la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE) a décidé que les Etats membres doivent réclamer le déclassement d'une zone du réseau Natura 2000 auprès de la Commission, si ce site est devenu "irrémédiablement impropre à remplir les objectifs de la directive habitats". Le déclassement peut intervenir à la demande du propriétaire d'un terrain situé dans la zone.
Ce réseau est constitué de zones spéciales de conservation (ZSC) établies sur la base des sites d'importance communautaire (SIC) définis par la Commission en collaboration avec les Etats membres.
Les restrictions apportées au droit de propriété sont justifiées par la protection de la valeur patrimoniale d'une partie de l'environnement. "Si ces qualités disparaissaient définitivement et si la dégradation rend le site irrémédiablement impropre à assurer la conservation des habitats naturels et des espèces, le maintien des restrictions à l'usage du site pourrait conduire à une violation du droit de propriété", affirment les juges.
En l'espèce, un terrain appartenant à une entreprise était situé sur un SIC. Un plan d'aménagement de la région avait prévu l'extension d'un aéroport, occasionnant l'affectation de la zone sur laquelle se trouve le terrain à des équipements commerciaux et industriels. Le propriétaire a de ce fait demandé au ministère italien de l'Environnement de revoir les délimitations ou de déclasser le site de la zone spéciale de conservation mise en place conformément au SIC.
L'affaire a été portée devant le Conseil d'Etat italien, qui a posé une question préjudicielle à la CJUE, afin de savoir si la directive habitats permettait à un Etat de réviser la liste des SIC, et si ce pouvoir pouvait s'exercer à la demande d'un propriétaire dont le terrain est inclus dans le SIC.
La Cour a observé que la directive habitat ne prévoit pas de procédure de déclassement d'un SIC, mais mentionne la possibilité de déclassement d'une ZSC "lorsque cela est justifié par l'évolution naturelle de la zone". Le classement en ZSC découlant du classement en SIC, tout déclassement d'une ZSC implique le déclassement du SIC. Cette opération doit s'effectuer "suivant la même procédure que l'inscription du site sur la liste", indique la CJUE.
De ce fait, dans l'éventualité où un Etat membre se rend compte que "les critères fixés par la directive ne peuvent plus être respectés", il doit proposer son déclassement à la Commission.
Toutefois, la seule allégation d'une dégradation environnementale d'un SIC ne suffit pas à obtenir le déclassement. De la même façon, le "manquement d'un Etat membre à l'obligation de protection du site ne justifie pas (…) son déclassement".