Didier Perréol est titulaire d'un brevet de technicien agricole. Il entame sa carrière en tant que technico-commercial pour une société de vente d'aliments pour bétail. En 1980, il ouvre son premier magasin de vente de produits biologiques en Ardèche. Après la création de trois autres surfaces de vente spécialisée, Didier Perréol monte, en 1988, la société Euro-nat SA, distributeur de produits biologiques d'épicerie sèche pour les magasins spécialisés de la région Rhône Alpes. Onze ans plus tard, il créé le groupe Euro-nat qui devient Ekibio en 2010 puis rejoint le groupe Compagnie Biodiversité en 2014. Ce dernier se présente comme le premier groupe français et indépendant de produits biologiques. Didier Perréol est également vice-président du Syndicat national des transformateurs et distributeurs de produits naturels et de culture biologique, le Synabio.
Didier Perréol succède à Etienne Gangneron à la tête de l'Agence bio. Il représente le Synabio et exercera ses fonctions aux côtés des vice-présidents Etienne Gangneron (APCA), Gérard Michaut (Coop de France) et François Thiéry (FNAB).