Les eurodéputés souhaitent que les cas graves de rejet de substances polluantes soient considérés comme actes criminels. La gravité des cas serait définie par le fait qu'il y ait ou non une détérioration de la qualité des eaux.
Les parlementaires souhaitent par ailleurs que les cas mineurs soient considérés comme des infractions pénales s'ils sont répétés, intentionnels ou causés par une négligence grave. Les eurodéputés espèrent ainsi mettre fin à la pratique de certains responsables de navires qui préfèrent polluer parce qu'il leur revient moins cher de payer la sanction administrative que de respecter la législation.
À l'instar de la Commission européenne, les députés requièrent des sanctions effectives et dissuasives, tant pour les responsables du navire que les personnes au profit desquelles les infractions sont commises (propriétaire de la cargaison, société de classification).
Pour résoudre la question de l'évaluation des dégâts causés et de la classification de l'infraction, les eurodéputés ont soutenu un amendement proposant de confier les activités de surveillance et de contrôle à un observatoire dépendant de l'Agence Européenne pour la Sécurité Maritime.