Une instruction du 18 décembre 2013 du ministère des Affaires sociales et de la santé précise les modalités d'application de l'arrêté du 25 novembre 2003 relatif aux dérogations aux limites de qualités des eaux. Cet arrêté fixe les conditions d'instruction des demandes de dérogation aux limites de qualité des eaux destinées à la consommation humaine, les informations à transmettre au ministère de la Santé, et les conditions d'élaboration d'un bilan national sur les dérogations octroyées en France au cours des dix dernières années.
Sont notamment définies les conditions suivant lesquelles une dérogation peut être accordée, la procédure à suivre pour la mise en œuvre de cette dérogation, son éventuel renouvellement, et les sanctions éventuellement prises en cas de "défaut d'avancée concrète dans le plan d'action". Il est ainsi nécessaire que la qualité de l'eau, bien qu'elle ne corresponde pas aux normes de qualité, ne soit pas dangereuse pour la santé humaine. Les "moyens raisonnables" pour maintenir l'approvisionnement doivent également avoir été épuisés. De plus, un plan d'action "précis et réaliste" pour rétablir la qualité de l'eau doit être prévu. A noter que les eaux vendues en bouteilles ou en conteneurs ne peuvent pas faire l'objet d'une procédure de dérogation.
La saisie des informations dans le Système d'information en santé-environnement sur les eaux (SISE-Eaux), permettant la gestion au quotidien des données du contrôle sanitaire et des dérogations, servira à la transmission des informations au ministère chargé de la santé et à la Commission européenne, conformément aux dispositions de la directive du 3 novembre 1998. La conception du bilan national des dérogations accordées entre 2004 et 2013 utilisera également le SISE-Eaux.