Destiné à définir les grandes orientations de recherche de l'Institut et son programme d'actions annuel, le conseil scientifique de l'ISCC se réunira deux fois par an. Il compte, en-dehors de son président et du directeur de l'Institut, 26 membres : les directeurs des dix instituts du CNRS ainsi que seize personnalités qualifiées nommées par le président du CNRS pour quatre ans.

Créé en juin 2007, l'ISCC du CNRS est une structure transverse, unique et interdisciplinaire consacrée au domaine des sciences de la communication. Il est dirigé par le sociologue Dominique Wolton. En novembre 2009, le CNRS a doté l'ISCC d'une Maison des sciences de la communication et de l'interdisciplinarité, à Paris, où Edgar Morin a désormais son bureau. Cette Maison a pour vocation de favoriser les rencontres et les échanges entre chercheurs, d'accueillir les équipes, les séminaires et les colloques et de servir de vitrine à l'interdisciplinarité.

Les personnalités qualifiées présentes, nommées par Edgar Morin sont : Vincent Berger, physicien, président de l'Université Paris Diderot ; Anny Cazenave, géophysicienne, membre de l'Académie des Sciences ; Frédéric Dardel, biologiste, professeur à l'Université Paris Diderot ; Dominique Desjeux, anthropologue, professeur à l'Université Paris Diderot ; Egon Flaig, professeur d'histoire à l'université de Rostock ; Claudie Haigneré, présidente d'Universcience ; François Heisbourg, Fondation pour la recherche stratégique ; Jean-Charles Hourcad e, directeur du CIRED ; Jacqueline Lecourtier, directrice générale de l'ANR ; Gretty Mirdal, professeur de psychologie à l'Université de Copenhague ; Marie-Odile Monchicourt, journaliste scientifique à Radio France ; Peppino Ortoleva, professeur d'histoire des médias à l'Université de Florence ; Jacques Perriault, professeur émérite à Paris Ouest Nanterre La Défense ; Jean-Claude Risset, musicologue, médaille d'or du CNRS (1999) ; Michel Spiro, président du Conseil du CERN ; Maurice Tchuente, professeur d'informatique à l'Université du Cameroun.