Milieux diversifiés d'une grande richesse biologique, qui constituent notamment des espaces d'accueil pour les oiseaux migrateurs, les zones humides jouent un rôle dans la régulation des crues et des étiages et dans l'épuration des eaux. Elles accueillent également de multiples activités telles que l'élevage, la pisciculture, la chasse ou le tourisme. Cependant, ces intérêts écologiques, paysagers, sociaux et économiques peuvent parfois être antagonistes et menacer l'équilibre naturel de ces milieux. Selon une étude menée par l'IFEN en partenariat avec l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS), le Muséum national d'histoire naturelle (MNHN) et avec le soutien de la Fédération nationale des chasseurs (FNC), les zones humides subissent encore une forte pression mais la situation semble s'être améliorée. Alors que la régression et la dégradation des milieux humides avaient été jugées alarmantes pendant la période 1960-1990, entre 1990 et 2000, la superficie des zones humides d'importance majeure et leur état de conservation se sont majoritairement stabilisés. 11% présentent même une amélioration de leur état de conservation.

Cependant, certaines catégories de zones humides comme les prairies humides, les tourbières et les landes humides continuent à se dégrader et à régresser surtout dans les vallées et les plaines. Les causes de ces dégradations sont l'abandon de l'élevage extensif et l'intensification des pratiques agricoles, les plantations de peupleraies, les aménagements hydrauliques, les opérations d'assèchement et de drainage, l'exploitation de granulats, l'urbanisation, le développement d'activités industrielles ou d'infrastructures routières, etc. Même si dans l'ensemble au cours de la période étudiée, la pression des activités humaines a peu augmenté dans l'ensemble, l'étude met en évidence une légère extension et une intensification des usages dans certaines régions. Les pressions les plus élevées s'exercent sur les vallées alluviales et le littoral méditerranéen et les plus faibles sur le littoral atlantique.
Interrogé sur les perspectives d'évolution des zones humides d'importance majeure entre 2000 et 2010, plus d'un tiers des experts ont estimé l'avenir incertain, presque la moitié l'a envisagé stable ou favorable et 10 % défavorable. À l'heure actuelle, près de 70 % de la superficie des zones humides est couverte par des mesures de protection ou de gestion (Natura 2000, réserves naturelles, arrêtés de biotope, sites du Conservatoire du littoral, convention de Ramsar).