Enjeux majeurs de ce siècle aux côtés des changements climatiques, la protection de la biodiversité bénéficie depuis plusieurs années de financements publics via les politiques de préservation menées par les pays. Au même titre que la santé, la culture ou encore l'éducation, la biodiversité est également devenu l'un des domaines d'action possible des fonds fiduciaires, ces institutions privées qui ne financent que des actions ou des projets dans un domaine bien précis en accord avec les donateurs. Selon une étude réalisée par la Conservation Finance Alliance (CFA)¹, au cours des 15 dernières années, des fonds fiduciaires pour la conservation ont été créés dans plus de 50 pays. Il s'agit surtout des pays en développement des régions Amérique latine et Caraïbes. Ces fonds fonctionnent selon plusieurs schémas mais tous visent à assurer une ressource financière stable sur le long terme : certains placent leur capital sur les marchés financiers et seuls les intérêts de ces placements sont utilisés, d'autres utilisent directement leur capital jusqu'à ce qu'il soit épuisé (durée de vie fixée au départ), d'autres enfin s'alimentent par les revenus des taxes, redevances, amendes ou paiements des services fournis par les écosystèmes.

L'étude de la CFA estime qu'il y a aujourd'hui environ 55 fonds fiduciaires pour la conservation de la biodiversité dans le monde qui auraient rassemblé plus de 518 millions d'euros de capitaux. ''Les fonds fiduciaires se révèlent être des instruments efficaces pour contribuer à mobiliser des financements supplémentaires et obtenir un effet de levier important pour la préservation de la biodiversité auprès des bailleurs de fonds internationaux, des États et du secteur privé'', explique la CFA dans son rapport. Ces fonds relativement récents présentent surtout l'avantage de mettre en place une planification à long terme grâce à l'indépendance vis-à-vis des changements gouvernementaux et des évolutions des priorités des politiques, un élément nécessaire en matière de biodiversité. ''Les fonds fiduciaires sont l'un des instruments financiers les plus prometteurs pour assurer la préservation et l'exploitation durable du patrimoine'', a expliqué Cyril Rousseau de la Direction générale du Trésor et de la politique économique à l'occasion d'un séminaire organisé par le FFEM en novembre 2009.

L'impact et l'efficacité de ces mécanismes de financement sur la biodiversité restent toutefois encore difficiles à quantifier. Peu de fonds fiduciaires disposent de données de référence en matière de biodiversité. De plus la collecte et l'interprétation des indicateurs biologiques sont complexes et souvent chères.
Par ailleurs ces financements sont vulnérables à la volatilité du marché et peuvent perdre potentiellement du capital. Selon une étude de la CFA² réalisée auprès de 40 fonds fiduciaires et publiée en septembre 2009, ces fonds ont enregistré des pertes d'environ 6,9 % en moyenne sur les capitaux placés sur les marchés financiers en 2008 au pire moment de la crise, après avoir enregistré une hausse de 8,6 % en moyenne en 2007. La CFA considère toutefois que malgré ces pertes, ces fonds ''ont très bien amorti et géré l'effet de la crise si on compare leurs performances avec celles d'indices boursiers (S&P -37 % en 2008) ou la moyenne des fonds fiduciaires des grandes universités américaines (NACUBO -25 % en 2008)''.

Reste que la plupart de ces fonds fiduciaires sont encore majoritairement abondés par l'aide publique au développement. En effet ce n'est qu'après plusieurs années de fonctionnement et de démonstration de leur efficacité que des entreprises privées ont commencé à contribuer à ces fonds. La part des contributions du secteur privé est donc encore minoritaire mais a crû au cours des dernières années. Julien Calas, chargé de mission biodiversité au Fonds Français pour l'Environnement Mondial (FFEM) remarque que ''les initiatives se multiplient, que les services rendus par les écosystèmes financés par ces fonds se diversifient'' avec un engagement de plus en plus visible du secteur privé. Selon lui, cette tendance va s'accentuer à l'avenir surtout si l'on s'active à donner une valeur aux services rendus par les écosystèmes.