Polytechnicien, François Houllier est Ingénieur du Génie rural, des eaux et forêts, Docteur de l'Université Claude Bernard - Lyon I où il est habilité à diriger des recherches.
Ce spécialiste de la modélisation des plantes et des systèmes écologiques, et de la biométrie forestière, a occupé le poste de Directeur de l'Institut français de Pondichéry (Inde) de 1994 à 1997, avant d'intégrer l'INRA en 1998. Il y a rempli les fonctions de Directeur de l'unité mixte de recherches Cirad - Inra "Modélisation des plantes" ; Directeur de l'unité mixte de recherches Cirad - Cnrs - Inra - Ird – de l'Université Montpellier 2 "Botanique et bioinformatique de l'architecture des plantes" puis de Chef du département "Forêts et milieux naturels", Chef du département "Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques" et de Directeur scientifique "Plante et produits du végétal". Il était Directeur général délégué à l'organisation, aux moyens et à l'évaluation scientifiques de l'Inra depuis 2010.
En parallèle de ses responsabilités à l'INRA, il est Président par intérim d'AllEnvi, l'alliance nationale de coordination des recherches pour l'environnement (alimentation, eau, climat, territoires) depuis mars 2012, Président du groupement d'intérêt public Ecosystèmes forestiers (GIP ECOFOR) depuis 2009, Président du groupement d'intérêt scientifique Biotechnologies vertes depuis 2011, et enfin Président du conseil scientifique et technique de l'Institut français de la vigne et du vin depuis 2005.
