Les lignes électriques (électrocution, percussion), les persécutions (tir, piégeage, empoisonnement) ainsi que la perte de territoires de chasse due à la pression des activités humaines (artificialisation, dérangements aux abords de la zone de nidification), et à la fermeture des milieux ouverts constituent les principales menaces pour la survie de l'espèce.
Comme sa productivité naturelle est faible (accroissement lent des effectifs), le gouvernement a choisi de lancer un Plan national d'actions pour une durée de dix ans.
Son objectif : réduire les menaces et préserver ses habitats notamment les sites vacants, "seuls espaces à même de permettre un développement futur de la population d'aigle de Bonelli", explique le ministère de l'Ecologie. Le plan se décline en sept grands axes : réduire et prévenir les facteurs de mortalité d'origine anthropique, préserver, restaurer et améliorer l'habitat, organiser la surveillance et diminuer les sources de dérangements, améliorer les connaissances pour mieux gérer et mieux préserver l'aigle de Bonelli, favoriser la prise en compte du Plan dans les politiques publiques, faire connaître l'espèce et le patrimoine local remarquable et enfin coordonner les actions et favoriser la coopération internationale.