Car les PCB n'existent pas l'état naturel. Ils ont été produits par l'Homme dans les années 30 en raison de leur grande stabilité thermique et leurs caractéristiques électriques avant d'être interdits progressivement dans les années 80 au regard de leurs impacts néfastes sur l'environnement et la santé. Peu solubles dans l'eau et peu biodégradables, les PCB rejetés dans l'environnement se fixent dans le temps sur les matières en suspension et les sédiments des cours d'eau. Ils contaminent ensuite par ingestion la chaîne alimentaire, des crustacés aux poissons dans lesquels ils s'accumulent via les tissus graisseux. L'homme risque alors de se contaminer à son tour par l'ingestion de produits pollués. Si une exposition accidentelle de courte durée aux PCB n'a pas de conséquence grave, une exposition chronique même à faible dose présente divers effets néfastes chez l'animal, notamment des effets cancérogènes. Ils ont d'ailleurs été classés en tant que substances probablement cancérogènes pour l'homme. Les effets chroniques des PCB peuvent être également des dommages du foie, des effets sur la reproduction et sur la croissance.
À l'heure actuelle, la contamination des poissons est effective dans le Rhône ce qui a entraîné la proclamation de plusieurs interdictions de consommation et la mise en lumière de cette pollution à grande échelle. Le plan national d'actions de gouvernement prévoit dans un premier temps une amélioration de la surveillance et de la connaissance de la pollution dans les autres fleuves français que ce soit au niveau des sédiments ou au niveau de la faune fluviale. Une carte complète qui intégrera les résultats d'analyses des poissons sera rendue publique dans 18 mois. Des études et des recherches complémentaires sont également en préparation dans le bassin du Rhône afin de mieux comprendre les phénomènes complexes de contamination des sédiments et des poissons par les PCB. Ceci devrait permettre de détecter si certaines espèces de poissons sont plus contaminées que d'autres (en fonction de leur mode alimentaire par exemple) et pourrait permettre de cibler ainsi les interdictions de consommation sur certaines espèces ou sur certains sites de pêche.
En parallèle, le plan prévoit une réduction des rejets de PCB car malgré leur interdiction, ces produits sont encore présents dans les anciens transformateurs électriques. Même si un plan d'élimination est en cours, il reste encore plus de 500.000 transformateurs à traiter d'ici à décembre 2010. Le plan d'action envisage d'ailleurs de réduire les autorisations de rejet accordées aux sites dédiés au traitement des transformateurs.
Aucune disposition n'est pour l'instant prévu pour traiter la pollution. Le dragage des sédiments pollués a été évoqué mais cette solution risque de remettre en suspension les PCB et de mettre en évidence des sédiments encore plus pollués. Selon le gouvernement, le dragage des sédiments puis leur traitement peuvent être retenus pour résoudre des pollutions ponctuelles bien identifiées mais sont donc difficilement envisageables à grande échelle pour des raisons environnementales, techniques, et financières. D'autres solutions sont envisagées comme un traitement bactériologique in situ mais le gouvernement a confié au pôle de compétitivité lyonnais Axelera le soin de réfléchir à la question.
La secrétaire d'État en charge de l'écologie, Nathalie Kosciusko-Morizet a annoncé qu'un comité de pilotage au niveau national se teindrait avant la fin de l'année, ainsi qu'un second comité de pilotage à Lyon pour la pollution du Rhône, entre la fin janvier et le début de février.
Les premières dispositions présentées par le gouvernement ont été globalement bien accueillies par la fédération France Nature Environnement (FNE) très impliquée dans ce dossier à travers sa fédération régionale en Rhône-Alpes (la FRAPNA). FNE et la FRAPNA se sont félicitées que la Secrétaire d'État ait repris la majorité de leurs propositions présentées à l'occasion du Comité de pilotage même si c'est avec consternation qu'elles ont accueilli la carte de pollution qu'elle demandait depuis plusieurs années. Selon elles, il s'agit désormais de définir à la fois des actions précises et un engagement financier des différents acteurs. Pour Alain Chabrolle, porte-parole de FNE et de la FRAPNA sur ce dossier, cette pollution doit servir d'exemple, et toutes les leçons doivent en être tirées, notamment au niveau politique, pour régler l'ensemble des pollutions sédimentaires.
Cap21 a également exprimé sa satisfaction suite à l'annonce de la tenue d'un comité de suivi national. En revanche, le parti écologiste dénonce l'inertie des pouvoirs publics dans l'actualisation et le suivi de l'inventaire national des appareils contenant des PCB : incomplet, celui-ci n'a jamais été mis à jour ni suivi faute de moyens humains et financiers. Pour Eric Delhaye, porte-parole de CAP 21, la France n'a aucune visibilité sur l'élimination de ces déchets hautement toxiques et doit engager l'ensemble des moyens nécessaires pour disposer le plus rapidement possible de cet inventaire actualisé et mettre en place des contrôles efficaces.