L'article premier note que le texte s'appuie sur les principes de précaution, de prévention, d'information et de responsabilité inscrits dans la charte de l'environnement, ainsi que sur la liberté de consommer et de produire avec ou sans organisme génétiquement modifié.
L'article 2 crée quant à lui une Haute autorité sur les organismes génétiquement modifiés qui sera composée de deux comités, l'un scientifique et l'autre économique, éthique et social, dont les membres seront nommés par décret du Premier ministre sur proposition conjointe des ministres chargés respectivement de l'agriculture, de l'environnement, de la recherche et de la santé. La mission de cet organisme consistera à éclairer le Gouvernement sur toutes questions intéressant les organismes génétiquement modifiés et de formuler les avis en matière d'évaluation du risque pour l'environnement et la santé publique. La Haute Autorité devra notamment élaborer des règles d'évaluation des risques environnementaux et sanitaires conformément aux dispositions communautaires en vigueur et rendre ses avis et recommandations de manière public.
Le projet de loi établit par ailleurs la responsabilité de plein droit des exploitants agricoles et des distributeurs de semences en cas de dissémination involontaire et oblige l'exploitant agricole à souscrire une assurance couvrant sa responsabilité. Le texte confie par ailleurs au ministre chargé de l'agriculture, après consultation de la Haute autorité sur les organismes génétiquement modifiés et avis du ministre chargé de l'environnement de fixer les conditions techniques, le cas échéant, en matière de distances, visant à éviter la présence accidentelle d'organismes génétiquement modifiés dans d'autres productions. Le fait de ne pas respecter ces règles fait l'objet de sanctions pénales et financières.
Le texte aborde aussi le principe de transparence et réclame que toute personne cultivant des OGM déclare auprès de l'autorité administrative les lieux où sont pratiquées ces cultures, en lui communiquant les informations précisées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. L'autorité administrative établit un registre national indiquant la nature et la localisation à l'échelle parcellaire des cultures d'organismes génétiquement modifiés. Ce registre est rendu public.
Enfin, quatre articles sur 12 du projet de loi s'intéressent à la transposition de dispositions communautaires.
Pour la fédération France Nature Environnement, cet avant projet de loi comporte des avancées pour la protection de l'environnement et de la santé mais regrette toutefois que le texte comporte encore des imprécisions. La loi doit indiquer clairement que toute culture d'OGM et toute coexistence sont impossibles tant que la preuve n'aura pas été rapportée de l'absence totale de risques pour la santé et l'environnement, notamment en termes de contamination des cultures, estime Lylian Le Goff.
L'Alliance pour la planète s'est dite quant à elle déçue et préoccupée. Tel qu'il est présenté aujourd'hui, et sous réserve des décrets, le texte n'offre aucune garantie pour le droit et la liberté de consommer et produire sans OGM, sauf à considérer que « sans OGM » signifie en deçà du seuil d'étiquetage (0,9% d'OGM). Manger et produire sans OGM, ce n'est pas manger et produire un peu d'OGM. Ce texte donne donc un feu vert à la contamination, indique dans un communiqué Arnaud Apoteker, responsable de la campagne OGM de Greenpeace France. Le projet de loi transmis au Conseil d'Etat a perdu toutes les ambitions affichées lors du Grenelle de l'environnement, continue Guy Kastler, des Amis de la terre. La liberté de consommer et produire sans OGM est abandonnée au profit de la légalisation de la présence d'un peu d'OGM partout, de l'encouragement à la pollution génétique au delà de ce seuil en ne facturant aux pollueurs qu'une part infime des préjudices en cas de contamination. Quant à la Haute Autorité des Biotechnologies, elle voit son champ de compétence réduit aux seuls OGM et devient le seul juge du suivi des décisions dont elle est partie !