Pour les DEEE professionnels en revanche, la mise en place semble plus confuse. Rappelons que les dispositions ne sont pas les mêmes pour cette catégorie de déchets. Le décret du 20 juillet 2005 est plus souple envers les producteurs. Leur responsabilité s'applique uniquement pour la fin de vie des appareils mis sur le marché à partir du 13 août 2005. Pour les autres DEEE dits « historiques », la responsabilité d'élimination revient au détenteur. Par conséquent pour un EEE mis sur le marché avant le 13 août 2005, les responsabilités sont bien différentes selon qu'il s'agisse d'un équipement ménager ou d'un équipement professionnel. Et qui dit « responsabilité » dit « coût ». C'est pourquoi, la définition des EEE professionnels est à l'origine de nombreuses questions et incertitudes chez les professionnels et les détenteurs de DEEE.
Dans la réglementation, sont considérés comme DEEE ménagers, les déchets issus d'EEE provenant des ménages ainsi que d'équipements qui, bien qu'utilisés à des fins professionnelles, sont similaires à ceux des ménages en raison de leur nature et des circuits par lesquels ils sont distribués. Les autres déchets d'EEE étant considérés comme DEEE professionnels. Ainsi la nature de l'EEE et son circuit de distribution sont les deux critères qui permettent de déterminer la catégorie du DEEE. Globalement, un équipement professionnel est un équipement que l'on ne risque pas de retrouver en déchetterie municipale. Si pour certains produits comme les distributeurs de billets ou encore les équipements d'analyse hospitaliers, la classification est facile, pour d'autres cela peut être plus difficile. De plus sachant que cette classification est décidée par le producteur, elle peut être source de désaccord entre producteur et détenteur, aucun ne voulant accepter la responsabilité de l'élimination. Si c'est un DEEE ménager, le producteur financera la collecte et le traitement alors que si c'est un DEEE professionnel historique, le détenteur devra payer pour faire traiter son déchet.
Néanmoins, il semblerait qu'au fur et à mesure de la mise en place de la filière, chacun s'accorde pour définir ces EEE. Mais encore faut-il que les producteurs fassent connaître leur décision à leur distributeur et utilisateur. Si un producteur déclare son produit en « ménagés », paie une contribution et que les produits sont vendus par un distributeur ou un installateur à un utilisateur professionnel, ce dernier ne sera jamais informé de cette classification. Il ne saura donc pas qu'il a le droit de bénéficier du dispositif de collecte des DEEE ménager et de déposer son DEEE en déchetterie par exemple. Il assumera alors à ses frais les coûts de fin de vie alors que le producteur paie déjà sa contribution. Ainsi, de nombreux progrès doivent encore être réalisés concernant l'information de toute la chaîne de distribution.
Malgré tout, de nombreux producteurs d'EEE professionnels répondent désormais à leurs obligations de collecte et de traitement. Certains ont opté pour une organisation individuelle : le producteur s'engage par contrat directement avec son client utilisateur à reprendre les EEE devenus DEEE. D'autres producteurs ont choisi de transférer les obligations d'enlèvement et de traitement à leurs clients utilisateurs avec leur accord. Il leur était également possible de faire appel à un organisme agréé similaire à ceux créés pour les DEEE ménagers mais pour l'instant aucun organisme n'est agréé. Certains sont sur le point de voir le jour comme Recy'stem-Pro qui a enclenché la procédure d'agrément. Cet organisme propose aux fabricants, importateurs, intégrateurs, installateurs et distributeurs d'équipements électriques et électroniques professionnels de gérer pour leur compte leurs obligations de collecte et de traitement des DEEE.
Face aux incertitudes concernant les éco-organismes professionnels, certains producteurs ont opté pour la solution individuelle mutualisée. C'est le cas par exemple d'un collectif de professionnels fabricants d'équipements de soudage. Déjà regroupés au sein de leur syndicat professionnel, les producteurs se sont mis d'accord pour mettre en place une filière commune pour récupérer ces DEEE diffus et peu nombreux. Cette filière repose sur un réseau de distributeurs conventionnés chargés de reprendre, au nom du collectif, les DEEE de toutes les marques adhérentes et d'émettre les demandes d'enlèvement des déchets. Accompagnés de leur bordereau de suivi, les DEEE sont ensuite collectés et traités. Les factures sont à la charge du collectif qui gère la répartition entre les différents producteurs.
Ainsi malgré quelques hésitations, la filière semble bien partie. En aval, les entreprises de démantèlement s'organisent pour accueillir ces nouveaux volumes de déchets. C'est le cas par exemple de la société APR2 qui collecte, démantèle et recycle 5.000 tonnes de DEEE par an sur son site de Bonnières-sur-Seine (78).