Claude Gruffat est titulaire d'un BTS de gestion. Il débute comme conseiller agricole. En 1993, il ouvre un premier magasin coopératif bio puis crée d'autres points de ventes rattachés au réseau Biocoop.
Il évolue au sein de la chaîne de distribution spécialisée au poste de président de région puis de président de plateforme. En 2004, il en devient président. Il a été en parallèle directeur général de la structure de 2006 à 2011. Il continue de gérer deux magasins Biocoop à Blois (Loir-et-Cher).