Fabrice Bonnifet est ingénieur ergonome, diplômé du Cnam Paris. Il est entré au sein du groupe Saur, spécialisé dans le domaine de l'eau, en 1989. Il est directeur Qualité – sécurité – environnement (QSE) jusqu'en 2007. A cette date, il est promu directeur développement durable et directeur QSE de Bouygues.
Fabrice Bonnifet est également administrateur de l'Association France Qualité Performance (AFQP) depuis 2014.