Selon Michel Rodes, président de Sepanso Béarn, ''dans les Pyrénées, l'hydroélectricité affecte plus de 85 % des cours d'eau. Mais si les grands barrages produisent l'essentiel [de l'électricité d'origine hydraulique], le développement envisagé de nouvelles microcentrales (qui ne fournissent que 0,6 à 1,2 % de la production électrique française) est une menace pour les dernières rivières vivantes des Pyrénées''.
La Convention d'engagements pour le développement d'une hydroélectricité durable, lancée à la suite du Grenelle de l'environnement avec l'ensemble des acteurs concernés (industriels, asssociations…), tarde à aboutir. Pour l'association, cette convention ''reste inacceptable en l'état'' : ''FNE a déjà dénoncé ce projet de convention, qui flatte les appétits des industriels de l'hydroélectricité sans intégrer suffisamment de garantie de progrès environnemental, hormis l'éventuel démantèlement symbolique de 2 ou 3 sites'', explique Bernard Rousseau, responsable des politiques de l'association.
En outre, l'association regrette que l'hydroélectricité soit présentée davantage comme une énergie faiblement carbonée et que la dégradation des milieux liée à l'installation des barrages ne soit pas davantage prise en compte. ''Les barrages, petits et grands, sont aujourd'hui l'une des principales causes de non atteinte du bon état des eaux en 2015 dans tous les bassins (…). Il est inconcevable de développer l'hydroélectricité sur les cours d'eau encore préservés et non aménagés. Avant tout développement nouveau, il est impératif d'optimiser les équipements qui ont une réelle utilité, et de diminuer rapidement les impacts sur les cours d'eau. Il est nécessaire de prévoir le démantèlement de bon nombre de seuils et autres barrages inutiles. Le démantèlement de certains ouvrages très perturbateurs sur des axes migrateurs étant la priorité''.