Jean-François Carenco est issu de l'Ecole nationale des administrateurs (ENA). Il a occupé différentes fonctions au sein de l'administration territoriale, et notamment celles de préfet de la collectivité territoriale de Saint-Pierre-et-Miquelon, de Tarn et Garonne, de la Guadeloupe et de Haute-Savoie. Il a également été directeur du cabinet de Jean-Louis Borloo en 2008 et 2009, alors ministre de l'Ecologie. Jean-François Carenco est depuis décembre 2010 préfet du Rhône, préfet de la région Rhône-Alpes et préfet coordonnateur du bassin Rhône-Méditerranée.
Au sein du conseil d'administration de l'agence de l'eau, deux vice-présidents l'épauleront : Pascal Bonnetain, président du syndicat mixte Ardèche Claire, conseiller régional de Rhône-Alpes et Jean-Marc Fragnoud, membre de la chambre régionale d'agriculture de Rhône-Alpes.