Ainsi, quatre nouvelles directions devraient voir le jour : la direction « infrastructures », la direction « risques et santé », la direction « énergie climat » qui regrouperait notamment la Mission interministérielle de l'effet de serre (Mies) et la Direction générale de l'énergie et des matières premières (DGEMP) et enfin la direction « Ressource, territoire et habitat » qui intégrerait le logement, l'urbanisme, l'ancienne Direction de l'eau, la protection de la nature et la gestion des déchets. Seules la Direction générale de l'aviation civile (DGAC), la Délégation à la sécurité routière et la Délégation interministérielle à l'aménagement et à la compétitivité des territoires (Diact) ne seraient pas modifiées.
Un Commissaire au développement durable serait chargé de veiller à la bonne réorganisation de ces directions et par la suite de favoriser la transversalité. La nomination de Michèle Pappalardo, actuellement présidente de l'Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME) à ce poste a été évoquée.
Par ailleurs, le Conseil général du corps des Ponts et chaussées (CGPC) serait rebaptisé « Conseil général de l'Écologie, du développement et de l'aménagement durables ». Alors qu'il traitait surtout de la construction des autoroutes et autres infrastructure, ce nouveau conseil serait désormais chargé du contrôle de la réglementation environnementale et fusionnerait ainsi avec l'Inspection générale de l'environnement (IGE).
L'ensemble de cette nouvelle réorganisation a fait l'objet d'une circulaire interne afin d'en informer les fonctionnaires.