Les principales sources de légionelles sont essentiellement les réseaux d'eau chaude sanitaire (douches, bains à remous, fontaines décoratives...) et les systèmes de refroidissement par voie humide (tours aéroréfrigérantes), à ne pas confondre avec les installations de climatisation individuelles qui sont « à voie sèche » et ne comportent donc pas de risque de développement de légionelles.
Elles sont utilisées pour certains procédés industriels et pour les installations de climatisation centralisées. On les trouve dans l'industrie, et dans des secteurs comme les établissements hospitaliers et médico-sociaux, les grands ensembles d'habitations ou de bureaux, les centres commerciaux, les piscines ou les patinoires.
En France, plusieurs cas récents mettent en cause les tours de refroidissement et notamment à Paris en 1998 (20 cas, 4 décès) et en 1999 (8 cas, 1 décès), en Ille et Vilaine en 2001 (22 cas, 4 décès), à hôpital de Meaux en juillet 2002 (22 cas, 2 décès) et à hôpital de Sarlat en juillet 2002 (31 cas, 2 décès). En 2003, 1044 cas de légionellose ont été détectés et les épidémies de l'été 2003 à Montpellier et à Poitiers puis de l'hiver dans le Pas-de-Calais, avaient montré la nécessité de renforcer les actions de prévention. En effet, en novembre 2003, la région de Lens a connu une importante épidémie de légionellose. L'épidémie, une des plus sérieuses recensées en France, a touché,en près de deux mois, 62 personnes, dont sept sont mortes.
La multiplication de ces épidémies, en particulier l'épidémie de Lens a ainsi poussé les pouvoirs publics à réglementer la construction et la maintenance des tours aéroréfrigérantes humides.
Un programme d'action définit dans le Plan National Santé Environnement (PNSE) et visant à réduire de 50% l'incidence de la légionellose prévoit notamment l'amélioration des connaissances, un renforcement de la réglementation sur la conception et le fonctionnement des tours aéroréfrigérantes, ainsi que le recensement de ces tours. Une circulaire des ministères de l'écologie et du développement durable et de la santé du 24 février 2004 a précisé les modalités de ce recensement. En Ile-de-France, près de 2200 tours ont été répertoriées dans 800 établissements.
En décembre 2004, la réglementation relative aux tours aéroréfrigérantes a été renforcée par la création d'une rubrique spécifique de la nomenclature des installations classées pour la protection de l'environnement (ICPE). Les activités industrielles qui relèvent de cette législation sont énumérées dans une nomenclature qui les soumet soit à un régime d'autorisation, soit à un régime de déclaration.
La déclaration concerne les activités les moins polluantes ou les moins dangereuses. Elle consiste à faire connaître au préfet son activité (le préfet remet alors un récépissé de déclaration) et à respecter des prescriptions standardisées.
L'autorisation concerne les activités les plus polluantes ou les plus dangereuses. La procédure d'autorisation débute par la constitution d'un dossier de demande d'autorisation où figurent une étude d'impact et une étude de dangers. Elle se termine par la délivrance ou le refus de l'autorisation sous la forme d'un arrêté préfectoral. En cas d'autorisation, celui-ci contient les prescriptions que doit respecter l'industriel. Par rapport aux prescriptions de la déclaration qui sont standardisées, les prescriptions de l'autorisation sont élaborées au cas par cas. Des prescriptions d'exploitation particulières s'appliquent ainsi à ces installations depuis mai 2005 et les exploitants de tours soumises à autorisation doivent en demander le contrôle par un organisme agréé.
C'est dans ce cadre que la direction régionale de l'industrie, de la recherche et de l'environnement d'Ile-de-France (DRIRE) a mené en 2005 une campagne de contrôles inopinés des tours aéroréfrigérantes de manière à détecter la présence ou non de bactéries de type légionelles situés dans les 4 départements de la grande couronne de l'Ile-de-France (Seine-et-Marne, Yvelines, Essonne et Val-d'Oise). Pour cela, la DRIRE a mandaté sept laboratoires d'analyses et leur a confié la réalisation de 550 prélèvements dans les 250 établissements concernés. Résultat : dans un quart des cas, une action corrective a été nécessaire. Pour 33 établissements, un ou plusieurs prélèvements dépassaient le seuil d'action de 1 000 UFC/l et pour 23 établissements, un ou plusieurs prélèvements contenaient une flore interférente bactérienne c'est-à-dire empêchant la détection des légionelles. Ces deux cas obligent l'exploitant à nettoyer et désinfecter son système de refroidissement de façon à s'assurer d'une concentration en légionelles inférieure à 1 000 UFC/l. Pour 11 établissements, un ou plusieurs prélèvements dépassaient le seuil d'action de 100 000 UFC/l. Dans ce cas, l'exploitant doit immédiatement arrêter le fonctionnement du système de refroidissement puis vidanger, nettoyer et désinfecter l'ensemble du circuit. Il doit déterminer et mettre en oeuvre des actions correctives visant à éviter toute nouvelle prolifération. Le suivi des installations est intensifié pendant trois mois.
En 2006, la Drire Ile-de-France prévoit de renouveler cette campagne.