En effet, au cours du débat, les députés ont défendu l'idée d'une hiérarchisation des déchets qui classe les solutions de traitement en fonction de leur incidence écologique en insistant sur la prévention, puis la réutilisation des produits consommés, la valorisation matière comme le recyclage des matériaux, la valorisation énergétique et en dernier lieu l'élimination.
Cependant, sujet de controverse, l'incinération des déchets municipaux a divisé les députés. Doit-elle être considérée comme une « élimination » ou une « valorisation » ? L'Assemblée a finalement soutenu les positions de la Commission et du Conseil qui considèrent que l'incinération de déchets doit être classée comme valorisation à condition qu'elle réponde à certains critères de rendement énergétique.
Au cœur du compromis figurent aussi des objectifs contraignants sur le recyclage et la réutilisation. D'ici 2020, 50% des déchets ménagers comme le papier, le métal, le verre devront être recyclés ou réemployés, tout comme 70% minimum des déchets de construction et de démolition non dangereux. Un objectif visant les déchets industriels et de fabrication, demandé par les députés, n'a pas été inclus dans le compromis. Il est toutefois prévu que la Commission examine les objectifs d'ici 2020 et que, si besoin est, elle renforce ou fixe des cibles pour d'autres flux de déchets.
La directive clarifie en outre un certain nombre de définitions importantes, comme celles du recyclage, de la valorisation et des déchets eux-mêmes. Elle établit notamment une distinction entre les déchets et les sous-produits et détermine à quel stade le déchet a été suffisamment valorisé pour ne plus être considéré comme un déchet.
Certains députés se sont toutefois dits mécontents du compromis, en critiquant l'inclusion d'un objectif non-contraignant de prévention des déchets et auraient préféré avoir des objectifs plus sévères pour le recyclage et la réutilisation.
Le mécontentement s'est aussi exprimé du côté des associations de défense de l'environnement qui jugent les objectifs de recyclage trop faibles et n'acceptent pas que l'incinération soit considérée comme une valorisation. Le Parlement a lâché sur tous les points forts de sa position pour obtenir ses taux de recyclage, alors qu'ils ne vont pas changer grand-chose, s'indigne Nathalie Cliquot, du Bureau Européen à l'Environnement (BEE). La directive de 1994 sur les emballages prévoit déjà une obligation de recyclage de 60% pour le verre, le papier et le carton; 50% pour les métaux; 22,5% pour les plastiques et 15% pour le bois, d'ici le 31 décembre 2008, rappelle-t-elle.
Même argument pour le Centre National d'Informations Indépendant sur les Déchets (CNIID) qui dénonce le remplacement d'objectifs ambitieux de recyclage par des objectifs maquillés ne portant que sur quelques flux de déchets, par ailleurs déjà inscrits dans la directive emballage concernant les déchets ménagers. Pour Hélène Bourges, chargée de la campagne Alternatives au CNIID, ce recul est symptomatique de l'inaction des décideurs face à la pénurie annoncée des ressources naturelles, à commencer par le pétrole, qui est la matière première de tous les plastiques.