Polytechnicien, Christophe Gégout est diplômé de l'Ecole nationale de la statistique et de l'administration économique (Ensae) et de l'Institut d'études politiques de Paris. Il débute sa carrière en 2001 à la direction de la prévision du ministère des Finances. Deux ans plus tard, il rejoint la direction du budget où il est consultant pour le gouvernement. En 2007, il devient conseiller au ministère des Finances. Trois ans plus tard, il est nommé directeur financier du CEA.