L'efficacité écologique de la cogénération y est également mise en cause. La cogénération est présentée comme une technique de production combinée de chaleur et d'électricité économe en énergie primaire, autrement dit en gaz naturel dans le cas français. Par définition, ces économies d'énergie sont conditionnées aux moyens de production « évités », peut-on lire dans le rapport.
Pour les auteurs, il apparaît à ce titre, que la cogénération permet effectivement une moindre consommation d'énergie primaire par rapport à une production séparée de chaleur et d'électricité dont le combustible est le gaz naturel et, plus généralement, une moindre émission de CO2 par rapport à des modes de production basés sur des énergies fossiles. En revanche, dès lors que l'on prend des références différentes, fondées sur des énergies faiblement émettrices de CO2, l'intérêt environnemental de la cogénération disparaît, souligne le rapport.
Selon le rapport, la cogénération au gaz naturel ne présente un intérêt écologique que si elle se substitue à des productions utilisant des énergies fossiles. La production d'électricité par cogénération permet de réduire les émissions de CO2 par rapport à tous les modes de production dont le combustible est une énergie fossile (charbon, fioul et gaz naturel). En revanche, la production d'électricité cogénérée induit un excès d'émission par rapport aux autres modes de génération (nucléaire, hydroélectricité, énergies renouvelables).
Le rapport estime que le bilan écologique de la cogénération est moins avantageux que dans d'autres pays européens, où la production électrique est encore largement fondée sur l'utilisation d'énergies fossiles et pour lesquels la cogénération apporte une solution de substitution intéressante. Par contraste, la structure particulière du parc de production électrique français, caractérisée par la prépondérance de la production nucléaire et l'utilisation importante de l'énergie hydraulique, réduit les avantages écologiques de la cogénération.
En outre, le rapport considère que plusieurs mesures récentes sont de nature à relativiser l'avantage écologique de la cogénération au gaz naturel : l'institution d'un tarif d'obligation d'achat de l'électricité produite par cogénération à la biomasse, la revalorisation du tarif d'achat dont bénéficie la filière éolienne, la réalisation de l'EPR pour le renouvellement du parc nucléaire et l'incitation à l'alimentation des réseaux de chaleur à partir d'énergies renouvelables.
Pour les auteurs du rapport, le maintien du parc existant à l'horizon 2015, prévu par la programmation pluriannuelle des investissements, dans des conditions économiques et écologiques acceptables, suppose de repenser le dispositif de tarification actuel. Ils estiment que les pouvoirs publics devraient d'abord décider si la collectivité doit ou non continuer à aider la cogénération et observent en conclusion qu'une centrale nucléaire fonctionnant en semi-base produit une électricité meilleur marché qu'une installation de cogénération et que trois années d'aides publiques pour le fonctionnement des installations de cogénération représentent le coût d'investissement d'un EPR. Ils considèrent également que les pouvoirs publics devraient, en ce qui concerne le prix d'achat de l'électricité cogénérée, trancher entre l'approche par les coûts évités et celle par la rémunération du risque consenti par le cogénérateur.
Les services du ministère devraient bientôt mettre en place un groupe de travail associant la profession afin de réfléchir aux suites pertinentes à donner à ce rapport, indique le ministère de l'industrie.
La cogénération s'est développée à partir de 1997 dans un cadre public reposant, d'une part, sur un dispositif d'obligation d'achat par EDF et les DNN (distributeurs non nationalisés) de l'électricité cogénérée et, d'autre part, sur des incitations fiscales. Les tarifs d'achat ont été définis dans des contrats approuvés par le ministre chargé de l'énergie puis dans l'arrêté du 31 juillet 2001 pris en application de la loi du 10 février 2000. Les mesures fiscales pour la cogénération comprennent une exonération de TICGN (taxe intérieure sur la consommation de gaz naturel) pendant cinq ans, un amortissement accéléré sur un an des dépenses d'investissement et une réduction de 50% de la taxe professionnelle. Les installations existantes de cogénération sous obligation d'achat représentent une puissance de près de 5 GW. L'essentiel s'est développé entre 1997 et 2001 sous le régime du contrat 97-0118. Le tarif d'obligation d'achat dont bénéficient ces installations a été construit à partir d'une logique de coûts évités pour le système électrique, ce qui inclut les coûts d'investissement et d'exploitation évités d'un cycle combiné au gaz de référence de 650 MW et la rémunération des économies de réseau et des économies d'énergie primaire réalisées grâce à la cogénération.