Le programme PIREN-Seine, au cours de sa 6ième phase (2011-2014), a focalisé ses travaux sur 5 thématiques principales qui intéressent l'avenir du bassin de la Seine.

- L'agriculture du bassin de la Seine : Quel modèle agricole compatible avec les ressources en eau pour le bassin de la Seine ?
- Interfaces nappes-rivière : Le rôle des milieux alluviaux dans le bassin de la Seine.
- Biogéochimie de l'axe fluvial : Nouveaux enjeux de la qualité de l'eau et nouvelles données et connaissances sur le fonctionnement microbiologique des cours d'eau.
- L'écologie et l'écotoxicologie : Les facteurs physiques et chimiques qui perturbent la qualité du milieu dans le bassin de la Seine.
- Le devenir des contaminants à de longues échelles de temps : Quelle est la dynamique des contaminants accumulés dans le bassin de la Seine ?