Créée par le Décret N° 2002-299 du 1er mars 2002 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'Agence française de sécurité sanitaire environnementale et modifiant le code de la santé publique, les activités scientifiques de l’AFSSE sont réparties au sein de trois départements : expertises intégrées, risques ; société ; recherche, valorisation scientifique. Ses principales missions sont :
- contribuer à assurer la sécurité sanitaire dans le domaine de l’environnement ;
- évaluer les risques sanitaires liés à l’environnement ;
- fournir au Gouvernement l’expertise et l’appui scientifique et techniques nécessaires à l’élaboration et à la mise en œuvre des dispositions législatives et réglementaires ;
- procéder ou faire procéder à toute expertise, analyse ou études nécessaires ;
- être saisie par les services de l’Etat, les établissements publics ou les associations agrées ; elle peut aussi s’autosaisir ;
- organiser un réseau entre les organismes disposant des capacités d'expertise scientifique dans son domaine de compétences ;
- établir un rapport annuel d'activité adressé au Gouvernement et au Parlement, rapport qui est rendu public ;
- informer le public : les avis et recommandations de l’AFSSE sont rendus publics et consultables sur son site internet.

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