Le développement effréné de ce secteur en France, en Europe mais aussi dans le monde commence à rencontrer une certaine contestation et l'intérêt de ces carburants est de plus en plus remis en question.

La controverse porte toujours sur le bilan énergétique de la production des biocarburants. Le bilan énergétique représente la différence entre la quantité d'énergie nécessaire sur un cycle complet de production des biocarburants et la quantité d'énergie restituée en bout de chaîne dans le moteur. Or, les études se suivent mais ne présentent pas les mêmes conclusions. Réaliser un bilan complet sur tout le cycle de vie du produit s’avère complexe et les résultats dépendent de nombreux facteurs : type de biocarburant étudié (éthanol ou EMVH), plante d’origine (maïs ou blé), méthode de production (lieu de transformation à proximité des champs ou non), lieu de production (Brésil ou Europe)…
En 2006, une étude réalisée par le Réseau Action Climat (RAC) et l’association EDEN (Energie Durable en Normandie) a remis en cause la validité des résultats de l’étude de l’ADEME de 2002 et a mis en évidence des intérêts climatiques moindres.
Selon une étude publiée dans Science en août 2007 et réalisée par Renton Righelato du World Land Trust et Dominick Spracklen de l'universite de Leeds, il serait même plus avantageux sur le plan des gaz à effet de serre de protéger et de restaurer les forêts et prairies qu’utiliser la même surface pour produire des agrocarburants. Par exemple, la culture du blé pour faire de l'éthanol permettrait d'éviter, par la substitution au pétrole, entre 0,2 et 0,6 tonne de gaz carbonique par hectare et par an. Mais la conversion, aux Etats-Unis, de cultures en forets de pins permettrait par la croissance des arbres d'économiser 3,2 tonnes de gaz carbonique par hectare et par an. De plus, à l’aide d'une simulation réalisée sur 30 ans, les deux chercheurs ont estimé que le remplacement des forêts par des cultures destinées à approvisionner les automobiles à motorisation flexfuel libérerait jusqu'à neuf fois plus de CO2 sur cette durée.

Paul Crutzen de l’institut allemand Max-Planck, lauréat du prix Nobel de chimie en 1995 pour ses travaux sur la dégradation de la couche d'ozone stratosphérique, a également émis des avertissements. Selon son étude, cosignée par une équipe internationale de chercheurs et publiée dans la revue Atmospheric Chemistry and Physics Discussions en septembre 2007, la production d'un litre de carburant issu de l'agriculture peut contribuer jusqu'à deux fois plus à l'effet de serre que la combustion de la même quantité de combustible fossile. L’équipe de chercheurs s’est plus particulièrement penchée sur les émissions de protoxyde d'azote (N2O), gaz à effet de serre émis par l'agriculture intensive et 296 fois plus puissant que le dioxyde de carbone (CO2). Une part des engrais azotés utilisés pour augmenter les rendements est dégradé en N2O. Le fait est connu mais selon M. Crutzen et ses coauteurs, il est plus important que prévu et pourrait augmenter l’effet de serre au lieu de contribuer à sa limitation.

L’OCDE a fait part à son tour de ses inquiétudes en septembre 2007 à l’occasion d’une table ronde sur le développement durable regroupant des délégués des pays membres et non membres et des représentants d'organisations internationales, de la société civile et du secteur privé. L’organisation estime que parmi les technologies actuelles, seuls les agrocarburants produit à partir de canne à sucre, de cellulose, de graisses animales et d’huile de cuisine usagée peuvent sensiblement réduire les gaz à effet de serre (GES) comparativement à l'essence et au diesel. Les autres techniques de production peuvent théoriquement entraîner une réduction de 40% des émissions de GES mais lorsqu’on prend en compte l'acidification des sols, l'utilisation d'engrais, la perte de biodiversité et la toxicité des pesticides, les incidences globales de l'éthanol et du biodiesel sur l'environnement excédent rapidement celles de l'essence et du diesel.

Par ailleurs, produire des biocarburants coûte cher. Le coût des biocarburants est calculé en tenant compte des coûts de la culture, des coûts de collecte et de transformation, dont on soustrait les recettes des co-produits (tourteaux de colza, drèches de blé). Selon l’INRA, les biocarburants ne sont rentables face au pétrole que si celui-ci a un cours très élevé au moins 70-80 dollars/baril. Mais l’OCDE rappelle de son coté que contrairement à ce qui est souvent avancé, le coût de production des agrocarburants ne baissera pas avec l’augmentation du prix des carburants fossiles puisque ces derniers sont nécessaires à la production de bioéthanol et de biodiesel.

Le débat se tourne également vers la pollution liée aux biocarburants. Contrairement aux carburants fossiles, les biocarburants ne contiennent pas de plomb et leur teneur en soufre est extrêmement réduite. Riches en oxygène, ils améliorent la combustion lorsqu’ils sont mélangés à des carburants fossiles et permettent de réduire ainsi la quantité de particules, de monoxyde de carbone et de polluants. En revanche, comme ils contiennent de l’oxygène, ils ont tendance à produire des oxydes d’azote et ceci peut s’avérer un frein à leur large utilisation car ils pourraient ne plus satisfaire à certaines normes de la directive européenne sur les carburants. Ils ne contiennent pas non plus d’hydrocarbures aromatiques mais peuvent conduire à la formation d’aldéhydes, composés à l’origine du phénomène de smog.
Une étude suisse publiée en mai 2007 et basée sur les écobilans révélait que pour la majorité des biocarburants il existait un conflit d'objectifs entre la minimisation des émissions de gaz à effet de serre et un bilan écologique global positif. Même si elle reconnaissait que de nombreux biocarburants permettent de réduire de plus de 30% les émissions de gaz à effet de serre, l’étude démontrait que la majorité de leurs filières de production présentent, pour plusieurs autres indicateurs environnementaux, une pollution plus élevée que pour l'essence.

Pour en savoir plus

• Télécharger l’étude du RAC

• Vers l’étude américaine dans Science

• Vers le résumé de l’étude de Paul Crutzen

• Voir l’étude américaine : Les empreintes profondes du bioéthanol

• Les agrocarburants à nouveau critiqués

• Une étude suisse démontre que tous les agrocarburants ne sont pas respectueux de l'environnement