Le secteur des déchets a nécessité la tenue d’un atelier inter-groupe spécifique au regard des nombreux désaccords qui se sont révélés au cours des débats notamment sur l’incinération. Certaines associations ont proposé l’instauration d’un moratoire sur la construction de nouveaux incinérateurs et la co-incinération de façon à promouvoir plus fortement la prévention et le recyclage des déchets. En complément de cette mesure, il était envisagé de supprimer les tarifs de rachat préférentiels pour l’électricité issue des incinérateurs. 
Cette position n’était pas partagée par le collège des employeurs ni par le collège des élus et collectivités territoriales, ni par certaines associations qui préconisaient plutôt une mise en cohérence de la politique sur les déchets avec l’ensemble des autres politiques environnementales et notamment celle portant sur la réduction des gaz à effet de serre qui devrait intégrer la possibilité d’utiliser les déchets comme source d’énergie.

Malgré tout, des compromis ont été trouvés et le projet de loi Grenelle 1 en témoigne.

La volonté de réduire les flux de déchets est marquée par l’objectif de réduire de 5 kg/an pendant 5 ans les volumes d’ordures ménagères produits en France. Le recyclage doit également passer de 24% (en 2004) à 35% en 2012 puis 45% en 2015. Ces efforts de réduction et de recyclage doivent conduire à diminuer les flux stockés et incinérés pour lesquels un objectif est également proposé dans le projet de loi : diminution de 15 % de ces flux à l'horizon 2012.

Pour atteindre ces objectifs, l’Etat mettra en œuvre un dispositif associant notamment une fiscalité incitative sur les installations de stockage et d’incinération et les produits fortement générateurs de déchets. Le projet de loi de finances 2009 instaure une Taxe Générale sur les Activités Polluantes (TGAP) sur l’incinération et relève le taux de TGAP sur la mise en décharge. Le but est de rendre plus coûteux l’incinération et le stockage des déchets, favorisant ainsi le recyclage. Cette modification de taxation devrait rapporter à l’Etat 152 millions d’euros en 2009, 254 M€ en 2010 et 263 M€ à partir de 2011.
Le projet de loi Grenelle 1 prévoit que la recette additionnelle de TGAP ainsi créée sera utilisée pour le financement des soutiens nécessités par la nouvelle politique déchets induite par le Grenelle.

L’Etat entend également faciliter le déploiement de la redevance incitative. Basée sur la quantité de déchets jetés, cette redevance incite à mieux trier et à moins jeter.

Certains flux de déchets devront également être amélioré : les déchets d’activités de soins à risques infectieux des ménages, les déchets du secteur du bâtiment et des travaux publics, les déchets organiques et les déchets dangereux diffus des ménages et assimilés seront concernés en premier lieu.

Concernant la modernisation des outils de traitement, le projet de loi prévoit la suppression des clauses de tonnages minimum souvent ajoutées dans les contrats de gestion des incinérateurs. Les nouveaux incinérateurs devront par ailleurs justifier leur dimensionnement mais la capacité globale des installations ne devra pas couvrir plus de 60% des quantités de déchets produits sur le territoire.

Enfin, le principe de la responsabilité élargie des producteurs pourrait être étendu.