C'est en 1995 que le projet Mercator voit le jour à l'initiative d'une trentaine d'océanographes motivés par une ambition commune : décrire et prévoir l'océan comme la météo décrit l'atmosphère.
Baptisé Mercator en hommage au cartographe flamand qui mit le monde en cartes, le projet est mené par le Cnes (Centre National d'Etudes Spatiales), le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), l'IRD (Institut de Recherche pour le Développement), l'Ifremer (Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer), Météo-France et Shom (Service Hydrographique et Océanographique de la Marine). Il s'inscrit au niveau international dans le programme GODAE (Global Ocean Data Assimilation Experiment) sous l'égide de l'Unesco. Après dix ans de recherche le premier bulletin officiel de prévision a été émis le 14 octobre dernier.

Cet outil est basé sur deux composantes : un modèle physique capable de simuler l'état thermodynamique de l'océan (température, salinité, courants, …) et un système d'assimilation des données en temps réel venant corriger les calculs du modèle. Ces données sont fournies par les satellites (hauteur de la mer par exemple) ou par les instruments installés en mer (température à grande profondeur).

Au cours de ce projet trois prototypes ont été élaborés. Les premières simulations ont concerné l'océan Atlantique et ce sont élargies aux autres océans de la planète : les océans Arctique, Antarctique, Indien et Pacifique. À chaque prototype la résolution a été affinée et actuellement Mercator est le prototype global offrant la meilleure résolution verticale. C'est-à-dire que le système intègre des données provenant de 46 niveaux de profondeur différents répartis jusqu'à 2000m de profondeur avec des données très rapprochées pour les 500 premiers mètres. À partir de toutes ces données le modèle est capable de décrire le comportement des océans en temps réel et jusqu'à 14 jours.

Les applications sont nombreuses et peuvent concerner l'environnement, la recherche, l'industrie, la voile ou encore participer à la sensibilisation du grand public. La prévision océanique opérationnelle apporte déjà des réponses dans de nombreux domaines. Les acteurs des missions de l'Etat sont les premiers bénéficiaires d'une information océanique en temps réel : sécurité en mer, surveillance, prévention des risques environnementaux (suivi des pollutions par hydrocarbures, algues toxiques) et climatiques (inondations, tempêtes et phénomènes climatiques extrêmes). Mercator a notamment collaboré lors du naufrage du prestige en 2002 en transmettant à la cellule de crise les cartes de prévision des courants et des températures.
De même, les activités côtières liées au tourisme, à l'aménagement du littoral, à l'aquaculture bénéficient de ces modèles côtiers et des prévisions saisonnières.