Comme toutes les baies, la Baie du Mont-Saint-Michel s'ensable. La marée est la première de ce phénomène naturel. Le courant de marée montante (le flot) apporte des sédiments que la mer dépose avant de se retirer. Le flot étant plus puissant que le courant de marée descendante (le jusant) les particules restent dans la baie. Située au 4^ème rang mondial par l'amplitude de ses marées, la Baie du Mont-Saint-Michel est particulièrement sujette à ce phénomène. Lors d'une marée d'amplitude moyenne, 4 milliards de m³ d'eau s'engouffrent et chaque année, marée après marée, environ 700.000 m³ de sédiments y sont déposés.
Trois fleuves alimentent la Baie du Mont Saint-Michel : Le Couesnon, la Sée et la Sélune. Jusqu'à la moitié du XIXe siècle, ces trois fleuves débouchaient dans la baie et divaguaient, c'est-à-dire qu'ils s'épanchaient en répartissant les sédiments apportés par la mer. Ces divagations menaçaient les polders aménagés sur les rivages. C'est pourquoi, à partir de 1860, les hommes ont entrepris des travaux d'aménagement destinés à limiter les divagations des fleuves. Poldérisation, endiguement, canalisation, barrage du Couesnon, toutes ces interventions humaines ont amplifié le phénomène d'ensablement de la baie se traduisant par la progression de la terre sous forme de pré-salé à une vitesse de plus de 20 ha par an.

Chef d'oeuvre du patrimoine de l'humanité, le Mont-Saint-Michel est aujourd'hui le site touristique de province le plus visité de France. Face à cet ensablement et aux conditions d'accueil du public devenues obsolètes, des travaux vont être réalisé pour que la baie retrouve son caractère maritime. Mais s'opposer à l'ensablement naturel n'est pas envisageable à l'échelle de l'homme. Cependant, ces travaux tenteront d'effacer les aménagements qui ont provoqué les effets les plus indésirables. De cette façon, les forces naturelles de la marée et des fleuves pourront à nouveau intervenir et désensabler progressivement la Baie.

Outre la suppression des parkings actuels et d'une grande partie de la digue-route qui faisaient obstacle à la libre circulation des courants, le volet hydraulique prévoit la construction d'un nouveau barrage permettant de générer des flux d'eau suffisants pour déblayer les sédiments accumulés. 80% des effets hydrauliques attendus doivent être réalisés dans les dix ans.
Ce dispositif général a été mis au point au terme de quatre années d'études et de recherches hydrosédimentaires. Une commission scientifique internationale a validé l'ensemble de ces aménagements et une étude d'impact touristique et environnementale a été réalisée. Cette dernière a notamment rappelé la nécessité de préserver certaines espèces rares de la Baie comme le pélodyte ponctué, petit crapaud gris tacheté de vert vif. Mis en péril par la construction du barrage, l'habitat du pélodyte a donc été réaménagé par la création de mares dans des zones non perturbées.

Les travaux hydrauliques commenceront au premier trimestre 2006 par la réalisation du barrage sur le Couesnon. Cet ouvrage sera le premier des cinq grands chantiers qui se termineront en 2010 par la destruction de la digue-route nécessaire jusqu'au dernier moment pour l'accès au Mont.
Après plusieurs sous-estimations, le coût de l'opération s'élève à 220 M€ et les principaux partenaires sont les agences de l'eau, l'Union européenne, l'Etat et les collectivités normandes et bretonnes.