Conformément à la directive «Habitats» (Directive 92/43/CE), toutes les espèces de cétacés sont des «espèces d'intérêt communautaire», autrement dit menacées, vulnérables, rares, nécessitant une attention particulière et qui bénéficient par conséquent d'une protection stricte. En outre, la directive impose aux Etats membres de désigner des zones de conservation spéciales pour le grand dauphin (Tursiops truncates) et le marsouin (Phocoena phocoena) et de surveiller l'état de conservation de toutes les espèces et habitats naturels couverts par la directive.
À la suite de plaintes faisant état d'une surveillance insuffisante de l'état de conservation des cétacés en France, aux Pays-Bas et au Royaume-Uni, la Commission a examiné la situation dans les autres Etats membres dotés d'une façade maritime.
Après étude des dossiers, la Commission a estimé que la Belgique, la France, la Grèce, l'Italie, les Pays-Bas, le Portugal et le Royaume-Uni n'ont pas mis en place de systèmes de surveillance suffisamment efficaces et leur a adressé un premier avertissement écrit les informant qu'ils ne respectaient pas la directive «Habitats» et devaient prendre des mesures correctives pour garantir une protection complète de ces mammifères marins.

La Belgique et les Pays-Bas ont mis en place des systèmes de surveillance pour les cétacés, mais la Commission a estimé que la fréquence de cette surveillance, à savoir une fois tous les dix ans, était insuffisante.
Au Royaume-Uni, les activités de surveillance ne couvrent que certaines parties des eaux territoriales et leur fréquence est également insuffisante.
La France, le Portugal et l'Espagne ne mènent des activités de surveillance que dans certaines parties de leurs eaux territoriales, et ces activités ne couvrent pas toutes les espèces de cétacés.
Enfin, les mesures de surveillance de la Grèce et de l'Italie sont sporadiques et ne s'inscrivent pas dans une stratégie à l'échelon national.
La Commission estime que, pour être efficace, la surveillance de l'état de conservation des espèces doit être régulière, porter sur toutes les espèces de cétacés et couvrir toutes les zones dans lesquelles ces espèces sont présentes. Le système de surveillance doit en outre fournir des informations sur les effectifs et l'aire de répartition des populations de cétacés afin de permettre une évaluation correcte de l'état de conservation.

Suite à ce premier avertissement écrit de « mise en demeure », la France et les autres Etats Membres ont deux mois pour présenter leurs observations. En l'absence de réponse ou si la réponse fournie par l'Etat membre n'est pas satisfaisante, la Commission peut décider d'adresser à ce dernier un deuxième avertissement écrit ou «avis motivé». Elle y expose clairement et de manière définitive les raisons pour lesquelles elle estime qu'il y a eu infraction à la législation communautaire et appelle l'Etat membre à remédier à la situation dans un délai déterminé, généralement de deux mois.
Si l'Etat membre ne s'y conforme pas, la Commission peut décider de porter l'affaire devant la Cour de justice. Si la Cour constate qu'il y a eu infraction au traité, l'Etat membre mis en cause est tenu de prendre les mesures nécessaires pour se mettre en conformité.
L'article 228 du traité Européen habilite la Commission à poursuivre un Etat membre qui ne s'est pas conformé à un arrêt de la Cour de justice des Communautés européennes. Cette disposition autorise également la Commission à demander à la Cour d'infliger à l'Etat membre concerné une sanction financière.

La France a déjà fait l'objet de nombreuses remarques de ce type par la Commission européenne que ce soit dans le domaine de la gestion des déchets, de la qualité de l'eau ou de la préservation de la biodiversité.
En 2003, à l'instar des années précédentes, le secteur de l'environnement a représenté plus d'un tiers de toutes les plaintes et procédures d'infraction concernant des cas de non-respect du droit communautaire et sur lesquelles la Commission a enquêté.