La Commission européenne a envoyé des lettres de mise en demeure à neuf États membres (l'Allemagne, la Belgique, l'Espagne, la France, la Grèce, l'Irlande, l'Italie, le Portugal et le Royaume-Uni) qui ne l'ont pas informée des dispositions qu'ils ont prises pour limiter l'utilisation du Bromure de méthyle (CH3Br) comme pesticide.
Ce pesticide, utilisé auparavant par les agriculteurs pour tuer les parasites présents dans le sol et dans les dispositifs de traitement des denrées alimentaires doit être éliminé progressivement conformément à la législation de l'UE (Protocole de Montréal et le règlement de l'UE relatif à l'ozone) car il détruit la couche d'ozone terrestre mais reste cependant autorisé moyennant un contrôle sévère dans certaines applications pour lesquelles il n'existe pas encore de solution de remplacement. Ces utilisations comprennent le traitement antiparasitaire des cultures commercialisées. Les États membres doivent déclarer chaque année à la Commission la quantité précise de bromure de méthyle qu'ils ont utilisée et à quelles fins, et les mesures qu'ils ont prises pour réduire l'utilisation de cette substance. Ils doivent également signaler les progrès réalisés dans l'évaluation et l'utilisation de produits de substitution.

D'autres part, la Commission a adressé un premier avertissement à l'Allemagne, à l'Autriche, à l'Espagne, à la France, à l'Irlande, à l'Italie, au Luxembourg, au Portugal et au Royaume-Uni, les enjoignant de prendre des mesures plus efficaces pour lutter contre la pollution atmosphérique dans un grand nombre de zones urbaines de leur territoire respectif.
Pour la France, le rapport annuel de 2001 signalait des concentrations de dioxyde d'azote supérieures à la valeur limite augmentée de la marge de tolérance dans l'agglomération de Marseille, l'agglomération de Paris, à Grenoble, à Lyon, en Haute-Normandie, à Honfleur et à Trouville. Aucun plan ou programme de réduction de la pollution n'a été communiqué à la Commission.
Les polluants atmosphériques en cause, le dioxyde d'azote et les particules, sont nocifs pour l'homme, surtout pour certains groupes sensibles de la population tels que les enfants. Les particules en particulier aggravent les maladies respiratoires et peuvent même entraîner des décès prématurés. Les concentrations élevées de particules dans l'air réduisent également la visibilité et encrassent les bâtiments et les monuments.
En vertu de la législation européenne dans le domaine de l'environnement, ces neuf États membres auraient dû établir des plans de réduction de la pollution pour les zones à forte concentration de dioxyde d'azote et de particules avant la fin décembre 2003. Ces plans doivent décrire les mesures que les États membres ont l'intention de prendre pour réduire la pollution. Le choix des mesures revient aux États membres, et celles-ci peuvent consister, par exemple, en restrictions de la circulation et en délocalisations des installations polluantes.
En 1996, l'Union européenne a adopté une directive-cadre pour l'évaluation et la gestion de la qualité de l'air ambiant, qui a été suivie, en 1999, d'une «directive fille» fixant des valeurs limites pour le dioxyde d'azote, les oxydes d'azotes et les particules (PM10) ainsi que pour l'anhydride sulfureux et le plomb. Ces valeurs limites seront obligatoires à partir de certaines dates, et aucun dépassement ne sera plus admis par la suite.

Enfin, la Commission européenne a intenté une action en justice contre 13 États membres pour violation des dispositions de deux textes législatifs importants dans le domaine de l'eau et a notemment adressé un premier avertissement écrit à la France, une enquête menée par la Commission ayant révélé que, dans ces États membres, de nombreuses agglomérations de plus de 15 000 habitants n'assainissent pas correctement leurs eaux résiduaires. En vertu de la directive de l'UE sur les eaux urbaines résiduaires, les agglomérations de cette importance devaient, au plus tard le 31 décembre 2000, avoir pris les mesures nécessaires pour que leurs eaux usées subissent un «traitement secondaire» avant d'être rejetées.
La directive sur les eaux urbaines résiduaires concerne la pollution par les éléments nutritifs, la pollution bactérienne et la pollution virale causées par les eaux urbaines résiduaires. Les eaux urbaines résiduaires à l'origine de concentrations excessives de substances nutritives, et notamment de phosphore et d'azote, dans les cours d'eau et les mers favorisent la prolifération des algues et d'autres formes de plantes aquatiques.
Ce processus, connu sous le nom d'«eutrophisation», entraîne à son tour un abaissement du taux d'oxygène, compromettant ainsi la survie des poissons et les rejets peuvent également poser des problèmes de santé publique si les eaux sont desinées à la baignade ou à la conchyliculture.