La version 2004 de la norme ISO 14001 ressemble beaucoup à celle de 1996 : il s'agissait là d'une volonté clairement affichée par l'International Standard Organisation (ISO). Elle se distingue de celle de 1996, par une plus grande clarté, une meilleure compatibilité avec la norme ISO 9001 (version 2000) ainsi qu'une meilleure prise en compte de la performance environnementale et de la conformité réglementaire.

La nouvelle version de l'ISO 14001 présente donc quelques changements, peu nombreux, mais néanmoins réels. Les aspects environnementaux intègrent désormais clairement les produits et les services. Les exigences légales doivent être désormais clairement liées à ces aspects.
On remarquera notamment l'introduction d'une clause spécifique pour l'évaluation de la conformité.

Comme une refonte générale du système n'est pas nécessaire pour passer de la version 1996 à la version 2004, l'International Standard Organization (ISO) et l'International Accreditation Forum (IAF)* ont fixé à 18 mois la durée de la période transitoire, alors qu'elle fut de trois ans pour la version 2000 de l'ISO 9001. Les organismes déjà certifiés ont donc jusqu'au 15 mai 2006 pour mettre à jour leur Système de Management Environnemental (SME).
Alan Bryden, secrétaire général de l'ISO ''encourage tous les organismes à intégrer l'ISO 14001:2004 dès que possible, afin de bénéficier de sa plus grande clarté et pour accroitre la compatibilité avec l'ISO 9001:2000 que nombre d'entre eux intègrent également''. Au total, de sont plus de 66 000 certificats dans le monde qui sont concernés.

Notons toutefois que jusqu'à cette date, un organisme peut toujours faire certifier un SME basé sur la version 1996.

* L'International Accreditation Forum - IAF - est l'association internationale qui représente les organismes d'accréditation de 44 pays, dont le COFRAC pour la France.