La coordination des pêcheurs de l'Etang reproche depuis plusieurs années à EDF la dégradation du milieu aquatique de l'étang de Berre avec la centrale hydroélectrique de Saint-Chamas dans les Bouches-du-Rhône. Les pécheurs avaient saisi la justice pour voir ordonner, sous astreinte, l'arrêt de l'exploitation de la centrale.

Les rejets d'eau douce effectués par la centrale déstabilisent le milieu de l'étang constitué d'eau salée, en faisant varier la salinité de la lagune entre 25g/l à 10 g/l selon l'activité de turbinage. De plus, les eaux de la centrale étant chargées en limons, les rejets provoquent l'envasement du nord de l'étang.

La cour d'appel d'Aix-en-Provence avait rejeté cette demande d'arrêt d'exploitation le 21 septembre 2000 en jugeant qu'EDF disposait de toutes les autorisations nécessaires, y compris celle d'aménager une dérivation de la Durance, depuis 1955.

La Cour de cassation estime que la cour d'appel a commis une erreur et cette affaire est donc renvoyée devant la cour d'appel de Lyon.

En juin 2003, la Commission Européenne avait saisi la Cour européenne de justice à la suite d'une plainte dénonçant la dégradation du milieu aquatique de l'étang de Berre, notamment par EDF.

Cette cour avait condamné, en octobre dernier, la France pour ne pas avoir adopté des mesures appropriées pour lutter contre la pollution massive et prolongée de l'étang de Berre.
Il est reproché à l'état d'avoir manqué aux obligations qui lui incombent en vertu de la Convention pour la protection de la mer Méditerranée contre la pollution, signée à Barcelone le 16 février 1976 et du protocole d'Athènes du 17 mai 1980 contre la pollution d'origine tellurique de la Méditerranée.
Elle se voit dans l'obligation de se mettre en règle avec la convention afin d'éviter les astreintes financières lourdes dont elle est passible depuis sa condamnation.