Il y'a 50 ans, Minamata, localité du sud du Japon a été gravement contaminée par des rejets de mercure en mer provoqué par les rejets d'une usine pétrochimique de l'entreprise Chisso pendant plusieurs décennies. Cette usine de produits chimiques, fabriquant du PVC utilisait le mercure comme catalyseur et le rejetait en mer après usage. Bien que le mercure fut sous forme inorganique (oxyde de mercure), peu biodisponible et peu toxique, la condensation, la salinité et l'activité bactérienne des micro-organismes marins ont transformé le mercure en une forme organique (méthylmercure), très biodisponible et très toxique.

Ces rejets de mercure dans la baie de Minamata ont ainsi contaminé poissons et coquillages puis la population locale déclenchant chez l'homme une maladie neurologique grave, dite maladie de Minamata. Les troubles ont affecté plus particulièrement les familles de pêcheurs et les animaux domestiques, tous deux consommateurs de poissons.

Le premier cas fut enregistré le 1er mai 1956 mais cette grave pollution ne sera reconnue qu'en 1968 et l'usine n' interrompit son utilisation qu'en trouvant un procédé plus moderne et moins coûteux et non pas par souci sanitaire ou écologique affirmé. Jouant un rôle primordial dans l'économie de la ville, la société ne fut impliquée qu'en 1973.

Durant toutes ces années, les habitants de Minamata continuèrent, malgré eux, à s'intoxiquer en s'approvisionnant de poissons et ce, jusqu'à l'arrêt des activités de la compagnie. La santé des habitants de la ville s'est ainsi dégradée d'année en année : augmentation des pertes de la vue, des cas de surdités, des handicaps moteurs et cérébraux. De plus, les enfants nés de parents contaminés ont été atteint de malformations des membres et de dysfonctionnements du système nerveux.

La pêche interdite pendant plus de quarante ans, des opérations gigantesques de dragage ont pu être menées (pour retirer 1,5 million de m3 de sédiments), diminuant graduellement les concentrations.

Il a fallu attendre 1988 pour que la cour suprême confirme définitivement la culpabilité de la compagnie Chisso. La question des compensations aux victimes officielles de Minamata a seulement été réglée au moins en partie en 1996, soit 37 ans après la mise en évidence de la culpabilité de la firme. Plus de 2.000 personnes ont été officiellement reconnues comme les victimes de cet empoisonnement. Mais depuis 50 ans, 21.021 personnes ont demandé aux autorités de les inclure dans la liste des victimes de cette pollution, tandis que près de 4.000 d'entre eux réclament toujours des dédommagements, d'après les chiffres de l'AFP.

Le maire de la localité, Katsuaki Miyamoto, a reconnu que 50 ans après la découverte de la maladie et plus de 70 ans après le début de la pollution, les problèmes engendrés par cette pollution n'étaient toujours pas résolus.