Quatre arrêts du Conseil d'Etat publiés entre 1999 et 2006 ont interdit l'utilisation du Gaucho et du Régent sur certaines cultures en raison des risques d'intoxication que ces produits phytosanitaires font courir aux abeilles dont la population est en déclin depuis les années 1990. Malgré ces interdictions, la France n'est pas encore redevenue le leader européen des producteurs de miel. En 2006, la production a atteint 20.000 tonnes. Résultat, le pays est obligé d'importer plus de 50% de sa consommation intérieure. Mais les apiculteurs semblent confiants puisqu'ils ont observé un retour à des comportements normaux de la part des abeilles et la dépopulation est enfin maîtrisée. La faible production est due à des conditions météorologiques médiocres et non pas à un mauvais fonctionnement des ruches.

Néanmoins, l'UNAF redouble de vigilance car l'apiculture française reste fragile. Une modification des processus d'homologation des produits phytosanitaires, entamée en 2006 par le gouvernement Français en réponse aux nouvelles contraintes induites par la directive 91/414/CEE, comporterait notamment quelques incertitudes. En effet, c'est désormais à l'AFSSA et à sa Direction du Végétal et de l'Environnement (DIVE) qu'il revient d'évaluer les dossiers de demande de mise sur le marché des produits. Même si elle reconnaît que cette nouvelle organisation est bénéfique puisqu'elle transfère le rôle d'évaluation à une agence indépendante, l'UNAF craint que les moyens de contrôle ne soient pas suffisants au regard du nombre de dossiers accumulés. Cette question d'efficacité du contrôle serait d'autant plus importante que ce rôle d'évaluateur national se double d'un rôle d'évaluateur européen. En effet, dans le cadre de la directive 91/414/CEE, la Communauté européenne établi une liste de molécules dont l'emploi dans les préparations phytopharmaceutiques est autorisé dans les divers Etats membres. Les fabricants soumettent leurs produits à l'Agence Européenne de Sécurité Alimentaire (EFSA) qui les évalue avec l'aide d'un état membre. Une molécule dont l'inscription a été refusée ne peut plus être utilisée dans l'ensemble de la Communauté Européenne. Par conséquent, l'UNAF estime que la désorganisation actuelle du système français est néfaste pour le fonctionnement de l'Agence Européenne de Sécurité Alimentaire. À titre d'exemple, l'UNAF rappelle que la France a été chargée par l'EFSA d'évaluer le fipronil, la substance active du Régent, puisque le fabricant a demandé son inscription sur la liste des produits autorisés. Bien que la France possède déjà les informations nécessaires et considère que ce produit ne doit pas être autorisé puisqu'elle l'a interdit pour plusieurs utilisations, l'AFSSA n'aurait pas encore rendu compte de ces conclusions à la Commission qui doit se décider en septembre 2007. Ainsi, même si une autorisation européenne ne remettrait pas en cause l'interdiction française, l'UNAF s'inquiète de cette lenteur administrative.
Les apiculteurs français s'alarment également des nouvelles molécules qui font leur apparition comme le Poncho dont la matière active est la clothianidine, une molécule sœur de l'imidaclopride présente dans le Gaucho. Fabriqué par la firme Bayer, le Poncho a été autorisé et est déjà utilisé en Autriche et en Allemagne où les apiculteurs demande son retrait. Derrière cette nouvelle menace se cache donc un problème bien plus complexe de critères d'évaluation de la dangerosité des produits. Selon l'UNAF, les tests effectués par les firmes ou les instances ne sont pas pertinents et ne sont pas adaptés aux spécificités d'exposition des abeilles à ces produits.

Par ailleurs, les apiculteurs français viennent de constater l'arrivée d'un nouveau prédateur pour les abeilles. Venu d'Asie, le frelon « Vespa Velutina » a envahi à ce jour le sud-ouest de la France. Il a été identifié par les spécialistes du Muséum d'histoire naturelle qui cherchent déjà un moyen de lutte mais sa propagation semble très rapide. Pour l'instant les apiculteurs s'appliquent à sensibiliser la population et à détruire les nids très imposants.

Dans ce contexte, l'UNAF poursuit plus que jamais son action de sensibilisation de l'opinion publique en faveur des abeilles. Son opération « sentinelles de l'environnement » qui consiste à installer des ruches dans les villes a séduit de nouveaux partenaires. Les villes de Lille, Martigues, Besançon, le conseil général des Pyrénées Orientales, la région Rhône-Alpes et le restaurant Michel Bras de Laguiole se sont ainsi engagé à accueillir entre 6 et 8 ruches pendant trois ans minimum sur le toit de leurs immeubles ou au sein de leurs espaces verts. L'UNAF prend en charge la gestion du rucher pour l'installation, le suivi et la récolte du miel. Cette récolte a lieu une fois par an et donne lieu à des manifestations organisées avec le partenaire où le citadin est invité à participer, observer, s'informer auprès des apiculteurs et, bien sûr, goûter le miel de sa ville. D'ici à 2009, l'UNAF prévoit de mobiliser 100 nouveaux partenaires français mais également européens.

En revanche, l'UNAF se déclare hostile à la campagne de promotion des jachères apicoles. Elle justifie cette antipathie par la réalisation d'essai infructueux de jachères apicoles de certains de ces adhérents et la mise en évidence de relations douteuses avec les firmes de produits phytosanitaires. Selon l'UNAF, cette campagne de communication est sponsorisée par les firmes qui cherchent avant tout à dédouaner leurs produits et à redorer leur image dégradée auprès du public et des agriculteurs. Puisque les acteurs des jachères apicoles mettent en avant la perte de nourriture comme cause de la disparition des abeilles, les apiculteurs craignent que les problèmes des produits phytosanitaires soient occultés par cette nouvelle considération alors qu'ils représentent selon eux le problème majeur.