En s'appuyant sur les conclusions de la Haute autorité sur les OGM qui a évoqué des « faits scientifiques nouveaux » concernant l'impact sanitaire et environnemental du maïs MON810, le gouvernement a décidé d'engager la procédure afin de déposer une clause de sauvegarde. Une fois activée, cette clause entraînera la suspension provisoire de l'autorisation de culture du seul OGM cultivé en France jusqu'à ce que l'Union européenne examine à nouveau le dossier d'autorisation de ce maïs.
À l'annonce de cette décision, les réactions ont été très vives. La confédération paysanne estime que cette décision est la reconnaissance d'un combat mené depuis dix ans presque jour pour jour. José Bové, qui observait une grève de la faim pour réclamer une telle décision, a donc arrêté son mouvement. L'Alliance pour la planète s'est également réjouie : après de multiples tergiversations, le gouvernement a tenu sa parole et pris la décision responsable qui s'imposait (…), c'est un signal fort : la logique et la dynamique du Grenelle s'appliquent en France, a déclaré Arnaud Apoteker de Greenpeace.
En revanche, selon l'AFP, la FNSEA, premier syndicat agricole, a déploré une « décision affligeante ». Elle n'a pas été prise avec suffisamment de recul, et j'émets des doutes sérieux sur son objectivité, a dénoncé son président, Jean-Michel Lemétayer. Conscient que cette décision provoquerait un tollé du côté des agriculteurs, le gouvernement a souhaité rappeler que les doutes sur cet OGM, actuellement cultivé en France, ne condamnent pas l'intérêt de cette technologie pour relever les défis alimentaires et environnementaux. Il a d'ailleurs annoncé le lancement d'un plan d'investissement dans les biotechnologies végétales de 45 millions d'euros, soit une multiplication par 8 des budgets actuels.

Avant que le ministère de l'agriculture ne transmette la demande de la France à l'UE, le semencier Monsanto, propriétaire du MON810, est invité à présenter ses arguments au cours des 15 prochains jours.
À l'heure actuelle, la clause de sauvegarde sur les OGM est utilisée par six pays de l'Union européenne et a été invoquée en dix occasions: trois fois par l'Autriche, deux fois par la France (en novembre 1998 pour deux types de colza génétiquement modifiés) et une fois par l'Allemagne, le Luxembourg, la Grèce, le Royaume-Uni et la Hongrie. Concernant le seul maïs MON 810, cela porte à quatre le nombre de pays qui l'ont déjà activée : Autriche, Hongrie, Grèce et désormais la France.