Les ministres de l'environnement des 27 Etats membres de l'Union européenne ont officiellement adopté la directive prévoyant l'inclusion du secteur aérien dans le système d'échange de quotas de CO2. Au même titre que l'industrie productrice d'énergie, l'industrie sidérurgique, les industries du verre, du ciment, de la poterie et de la brique, les compagnies aériennes vont devoir réduire leurs émissions dès 2012.

Durant la première année, les compagnies se verront attribuer un quota d'émissions équivalent à 97% de ce qu'elles ont émis en moyenne entre 2004 et 2006. Cette quantité diminuera chaque année et sera de 95% en 2013.
85% des certificats d'émissions seront attribués gratuitement, les 15% restant seront mis aux enchères. Chaque État membre décidera de l'utilisation qui sera faite du produit issu de la mise aux enchères de ses quotas. Mais celui-ci devra être affecté à l'atténuation du changement climatique et à la recherche sur des transports aériens propres. Dans tous les cas, les États membres devront rendre compte à la Commission de cette utilisation.

Ce système inclut tous les vols au départ ou à destination de l'Europe y compris les vols intercontinentaux. Les exploitants qui assurent ces vols seront donc intégrés au système, qu'ils soient établis ou non dans l'UE. Ceux assurant des niveaux de trafic très faibles seront toutefois exclus afin d'éviter des coûts administratifs disproportionnés. Cette disposition est destinée, entre autres, aux exploitants des pays en développement.
La directive exclut également du système les vols de recherche et de sauvetage, les vols de lutte contre le feu, les vols humanitaires, les vols médicaux d'urgence et les vols effectués aux fins de contrôles, ainsi que les vols effectués dans le cadre d'obligations de service public (police, douanes et armée).
En cas de non respect de ces dispositions, la directive prévoit la possibilité d'imposer une interdiction d'exploitation au niveau communautaire à l'encontre de l'exploitant d'aéronef qui ne se conforme pas aux exigences, si un État membre en fait la demande.

Le but de cette directive est bien de provoquer une réduction des émissions de gaz à effet de serre du secteur à travers l'outil de marché qu'est le système d'échange de quotas. Même si la part des transports aériens dans les émissions globales de gaz à effet de serre de l'UE n'avoisine actuellement que 2% à 4%, ses émissions augmentent plus rapidement que celles de tous les autres secteurs. Celles qui sont dues aux vols internationaux ont augmenté de 73% entre 1990 à 2003 et devraient, d'après les projections de la Commission européenne, atteindre 150% d'ici à 2012 si aucune mesure n'est prise. Une telle croissance annulerait alors plus d'un quart de la réduction des émissions que l'UE-15 est censée réaliser entre 1990 et 2012 en vertu de protocole de Kyoto.

À travers cette directive, l'Union européenne espère par ailleurs faire bouger les positions des autres grandes puissances. L'objectif final consiste à obtenir un accord sectoriel à l'échelle mondiale.