Alain Moulinier est ingénieur général des ponts, des eaux et des forêts. Il a entamé sa carrière à l'Ambassade de France à Madrid (Espagne) en 1980. Il a travaillé au sein du cabinet du Premier ministre en 1986 et en 1993. Il a notamment été directeur agricole et du développement industriel de Beghin Say de 1988 à 1993 ainsi que directeur général de l'Office national interprofessionnel des céréales de 1995 à 1998.
En 2002, il est nommé directeur général de la forêt et des affaires rurales au ministère de l'Agriculture. Six ans plus tard, il préside la section forêt, eaux et territoires au Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux (CGAAER) avant d'être nommé président de la section économie en 2011.