Outre des nuisances olfactives et des coûts de ramassage pour la collectivité, ces algues pourraient être à l'origine de plusieurs morts d'animaux voire d'un promeneur du fait de l'émanation d'hydrogène sulfuré. La mort d'un cheval fin juillet dans les Côtes-d'Amor a relancé la polémique.
Le développement des algues est en effet accentué par la présence d'éléments azotés dans les eaux due aux activités agricoles de la région. Le surplus d'éléments apportés aux cultures via les épandages d'effluents agricoles est lessivé et se retrouve dans les cours d'eau. En Bretagne, la situation est critique puisqu'elle remet régulièrement en cause l'alimentation en eau potable des populations pour cause de pollution aux nitrates.
Depuis les premières menaces de la Commission européenne à ce sujet, la France a mis en place plusieurs plans d'action successifs visant à limiter les apports d'azote sur les bassins versants particulièrement touchés. Selon les dernières statistiques du Service de l'observation et des statistiques (SOeS) du Ministère du développement durable, le taux de nitrate dans les bassins agricoles est en baisse. Fortement polluée initialement, la Bretagne se distingue avec les baisses les plus importantes, jusqu'à -20 %, avec en parallèle une diminution des apports azotés de 30% sur la même période. Mais les conséquences ne se font pas encore sentir au niveau des côtes bretonnes et concrètement sur le terrain, l'Etat opte pour la fermeture de l'accès des plages.
Pour l'association Eau et Rivières de Bretagne, ces actions sont insuffisantes : le 4e plan d'action de l'Etat [ndlr : signée le 29 juillet 2009 par le Préfet des Côtes d'Armor] ne comporte aucune disposition particulière pour les zones touchées par les marées vertes. L'association accuse l'état d'indifférence et de passivité : l'Etat aurait dû depuis longtemps préparer et mettre en oeuvre un programme de réduction progressive des apports de nitrates à l'amont des baies touchées par les marées vertes.
En attendant, le ramassage des algues se poursuit.